LXL04_035807 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035807

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 29282808-29287984 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2892 bp · LXL04_035807|LXL04_035807|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTGCGACAATGGAGTTTTGGAATATTAATGATTTCCAGCAGTCAACCGGTGAGCTCATGGATGCACTTGGGCCTTTCATCAACCCAAATTACGAAAATACCCTTGCTTTCTCTTCTCCTTCTACTTCTTATCCCTACTCTTCTTCgtctttctcttcttcttcttcttctcctaCCCAACAAGAATCCGGGTTTTACCCGGATGGGTACACCCACAGTTTCTCTACCCAAAACCCGTTTAGTTCTGATCAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2892 bp · LXL04_035807|LXL04_035807|OH1004|CDS

ATGGCTTCTGCGACAATGGAGTTTTGGAATATTAATGATTTCCAGCAGTCAACCGGTGAGCTCATGGATGCACTTGGGCCTTTCATCAACCCAAATTACGAAAATACCCTTGCTTTCTCTTCTCCTTCTACTTCTTATCCCTACTCTTCTTCGTCTTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTACCCAACAAGAATCCGGGTTTTACCCGGATGGGTACACCCACAGTTTCTCTACCCAAAACCCGTTTAGTTCTGATCAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

963 aa · LXL04_035807|LXL04_035807|OH1004|PROTEIN

MASATMEFWNINDFQQSTGELMDALGPFINPNYENTLAFSSPSTSYPYSSSSFSSSSSSPTQQESGFYPDGYTHSFSTQNPFSSDQSVSSFGLNQLSPSQIHQIQAKFNLPTHNNYLAPKPVSMKQIGSPPKPAKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDAAEEAALAYDIAAYKLRGDYARLNFPHLRHNGSHIGGQFGDYKPLHSSVDAKLQAICQTLAEGKSIDGAKKKGSRRSTVAKARTVVEQPEVVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035807`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035807

位置 Chr08:29282808-29287984 (-)

描述 Similar to RAP2-4: Ethylene-responsive transcription factor RAP2-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78080`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At4g39780`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At1g22190`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At1g36060`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At2g22200`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035807 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009415 response to water 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22190

ath:AT1G36060

ath:AT1G78080

ath:AT2G22200

ath:AT4G39780

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.906

排名 1 · LXL04_035807 · OH-1004

细胞质0.116

排名 2 · LXL04_035807 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_035807 · OH-1004

质体0.024

排名 4 · LXL04_035807 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_035807 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP2136-185 aa

PF00223.25PsaA_PsaB296-331 aa

PF08731.18AFT464-550 aa

PF21056.4ZSWIM1-3_RNaseH-like635-750 aa

PF10551.16MULE666-760 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035807	`PF00847.27`	AP2	136	185	1.1e-12	48.8
LXL04_035807	`PF00223.25`	PsaA_PsaB	296	331	2e-07	30.4
LXL04_035807	`PF08731.18`	AFT	464	550	1e-06	29.6
LXL04_035807	`PF21056.4`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	635	750	2.9e-12	47.4
LXL04_035807	`PF10551.16`	MULE	666	760	2.5e-26	92.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1E4`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor RAP2-4	50.926%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65665`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF060	49.153%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LM15`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor RAP2-13	49.351%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SKW5`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF055	42.617%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SIE4`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF056	48.182%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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