LXL04_035768 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035768

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 28542510-28544198 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1656 bp · LXL04_035768|LXL04_035768|OH1004|cDNA

ATGATATCAGAAAATCCAACAAATGAAACATCATCACTTCATCAAGAACTCGAAGTACTAACCGTATCAAAACGTCTTGTAAGAAGCCTAAGCCAAAAACTAAAAAGAAAAAACCAAAGCAGTACACCCGATGACGTGGACAACACACGTGGCGTTTCAATAAAATGCCCCACCCGTGGCGGCGGCTGCAAGGTCGGAGCCACCACCGGAGACGAATTCTCCGATTGCCGGGGCCGCCCTTCAACTTCCAATGACTATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1656 bp · LXL04_035768|LXL04_035768|OH1004|CDS

ATGATATCAGAAAATCCAACAAATGAAACATCATCACTTCATCAAGAACTCGAAGTACTAACCGTATCAAAACGTCTTGTAAGAAGCCTAAGCCAAAAACTAAAAAGAAAAAACCAAAGCAGTACACCCGATGACGTGGACAACACACGTGGCGTTTCAATAAAATGCCCCACCCGTGGCGGCGGCTGCAAGGTCGGAGCCACCACCGGAGACGAATTCTCCGATTGCCGGGGCCGCCCTTCAACTTCCAATGACTATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

551 aa · LXL04_035768|LXL04_035768|OH1004|PROTEIN

MISENPTNETSSLHQELEVLTVSKRLVRSLSQKLKRKNQSSTPDDVDNTRGVSIKCPTRGGGCKVGATTGDEFSDCRGRPSTSNDYKPVCGPDDTTIDCFSYGVKERFWKRSNNRKITEMENTHQHVLFLPDDIVEMCLVKLPLTSLVRARLVCKKWKVLTSTPRFLEMRRENGYQTPWLFLFGCVKNGICSKEINAFDVSSNKWHKIESEILKGRFMFSVVNIRDDVYIVGGCSSLTNFGRVDRSSVKTHKGVLVFSPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035768`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035768

位置 Chr08:28542510-28544198 (-)

描述 Similar to At5g42350: F-box/kelch-repeat protein At5g42350

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42350`	F-box/kelch重复蛋白 At5g42350。	暂无已核实直接文献
`At5g42360`	F-box/kelch重复蛋白 At5g42360。	暂无已核实直接文献
`At1g30090`	F-box/kelch重复蛋白 At1g30090。	暂无已核实直接文献
`At5g15710`	F-box/kelch-repeat 蛋白 At5g15710。	暂无已核实直接文献
`At2g24540`	SCF（ASK- cullin-F-box）E3泛素连接酶复合体的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035768 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30090

ath:AT2G24540

ath:AT5G15710

ath:AT5G42350

ath:AT5G42360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.712

排名 1 · LXL04_035768 · OH-1004

细胞质0.245

排名 2 · LXL04_035768 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 3 · LXL04_035768 · OH-1004

内质网0.042

排名 4 · LXL04_035768 · OH-1004

线粒体0.034

排名 5 · LXL04_035768 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937.13F-box-like129-164 aa

PF00646.39F-box130-167 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7153-233 aa

PF01344.32Kelch_1216-271 aa

PF01344.32Kelch_1355-386 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035768	`PF12937.13`	F-box-like	129	164	4.8e-06	27.0
LXL04_035768	`PF00646.39`	F-box	130	167	1.1e-08	35.4
LXL04_035768	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	153	233	7.8e-10	39.1
LXL04_035768	`PF01344.32`	Kelch_1	216	271	6e-13	48.8
LXL04_035768	`PF01344.32`	Kelch_1	355	386	6e-13	48.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FII2`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At5g42350	52.431%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FII1`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At5g42360	52.513%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6Z0`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g30090	35.714%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFV5`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At5g15710	24.719%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LAW2`	拟南芥	F-box protein AFR	25.316%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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