基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_035767
当前版本: OH-1004
染色体: Chr08
坐标: 28538905-28541692
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2430 bp · LXL04_035767|LXL04_035767|OH1004|cDNA
ATGTCGGTAAGCCGGAATGGAAGTCGTGACCTTGGTAGCCAATCAGACGACAGCTTCCAATACGAAAGACCACACGTAGAGCCAATTTACGACACATTCATCTGCCCTCTTTCAAAACAAATCATGAGAAACCCAGTCACGATTGAAAACGGGCAAACATTTGAGCGAGAAGCCATTGAGAAATGGTTCAATGAATGCAAGGAGAACGGAAGAAAGCTGACGTGTCCCTTAACATTAAAAGAACTAAAAACAACAGACAT...
CDS
下载 CDS FASTA2430 bp · LXL04_035767|LXL04_035767|OH1004|CDS
ATGTCGGTAAGCCGGAATGGAAGTCGTGACCTTGGTAGCCAATCAGACGACAGCTTCCAATACGAAAGACCACACGTAGAGCCAATTTACGACACATTCATCTGCCCTCTTTCAAAACAAATCATGAGAAACCCAGTCACGATTGAAAACGGGCAAACATTTGAGCGAGAAGCCATTGAGAAATGGTTCAATGAATGCAAGGAGAACGGAAGAAAGCTGACGTGTCCCTTAACATTAAAAGAACTAAAAACAACAGACAT...
809 aa · LXL04_035767|LXL04_035767|OH1004|PROTEIN
MSVSRNGSRDLGSQSDDSFQYERPHVEPIYDTFICPLSKQIMRNPVTIENGQTFEREAIEKWFNECKENGRKLTCPLTLKELKTTDMNPSIALRNTIEEWSARNEAVQLDMASKSLSPGSSESDSLHALKFIQQLCTKNLSSKNIIRNADLIPMIVEMLKSTSRKVRCIAFETLRVVVEDDDDNKEIMAEGDKVRTIVKFLNHEQSQEREEAVSLLYELSKSEALCEKIGSVNGAILILVGMTSSKSENLLIVEKAEKVL...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_035767 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_035767 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr08:28538905-28541692 (+) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to PUB43: U-box domain-containing protein 43 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程 GO:0010150 leaf senescence 生物过程 GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程 GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G20780 ath:AT1G76390 ath:AT5G42340 dosa:Os03g0657100 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.501
细胞核0.366
细胞膜0.201
高尔基体0.057
内质网0.056
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF04564.22U-box31-105 aaPF24768.2ARM_ARMC5117-288 aaPF25598.2ARM_PUB117-224 aaPF25598.2ARM_PUB236-391 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_035767 | PF04564.22 | U-box | 31 | 105 | 3.4e-14 | 53.5 |
| LXL04_035767 | PF24768.2 | ARM_ARMC5 | 117 | 288 | 4e-13 | 50.1 |
| LXL04_035767 | PF25598.2 | ARM_PUB | 117 | 224 | 2.7e-08 | 34.3 |
| LXL04_035767 | PF25598.2 | ARM_PUB | 236 | 391 | 2.7e-08 | 34.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9SFX2 | 拟南芥 | U-box domain-containing protein 43 | 61.586% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LM76 | 拟南芥 | U-box domain-containing protein 44 | 60.936% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9CAA7 | 拟南芥 | Putative U-box domain-containing protein 42 | 34.430% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q681N2 | 拟南芥 | U-box domain-containing protein 15 | 24.773% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q10FT0 | 水稻 | U-box domain-containing protein 24 | 50.925% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |