LXL04_035619 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035619

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 25419480-25424878 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2799 bp · LXL04_035619|LXL04_035619|OH1004|cDNA

ATGTCTCTTGGGCTTGTATCAAAAACCCTATTAGTTTGCAGTCGTTGTCTATCATTTGTATCTTCACAACAACACACACATACACCATCTGTGCAAATGGATTCCGCCGGAGCTTCTTCGTCGCCGTTTGATTCGTTTAAATCGAAGAAAGTCCTCCGCTCCTCCGTCAGCAAACAACATTCCGACGATAAAGCACTTGGAGCACCACATCAGAGTCCGTCGAGCTCCAATACTCCTGAAAAGCCTACACCTCCGCCACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2799 bp · LXL04_035619|LXL04_035619|OH1004|CDS

ATGTCTCTTGGGCTTGTATCAAAAACCCTATTAGTTTGCAGTCGTTGTCTATCATTTGTATCTTCACAACAACACACACATACACCATCTGTGCAAATGGATTCCGCCGGAGCTTCTTCGTCGCCGTTTGATTCGTTTAAATCGAAGAAAGTCCTCCGCTCCTCCGTCAGCAAACAACATTCCGACGATAAAGCACTTGGAGCACCACATCAGAGTCCGTCGAGCTCCAATACTCCTGAAAAGCCTACACCTCCGCCACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

932 aa · LXL04_035619|LXL04_035619|OH1004|PROTEIN

MSLGLVSKTLLVCSRCLSFVSSQQHTHTPSVQMDSAGASSSPFDSFKSKKVLRSSVSKQHSDDKALGAPHQSPSSSNTPEKPTPPPRRPITRRQPLRSVKQIREAAQQLRKSDLKPSVSSDPLAFLDTTTETPITKPKIPKALPERFEMLDNFFKSLQSAIRLLRLKGSASTFTNISRAVEKLTDRRFTHKHLAQLKFIFPEGIETRKILLRDDVTSCIKPDLDVTFNFSVIQNDEMLESGNRNLQMGKLFRSRLVSYYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035619`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035619

位置 Chr08:25419480-25424878 (-)

描述 Similar to CDT1A: CDT1-like protein a, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31270`	预复制复合体的成员。	Cell and plastid division are coordinated through the prereplication factor AtCDT1.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0502564102
`At3g54710`	预复制复合体的成员。	Cell and plastid division are coordinated through the prereplication factor AtCDT1.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0502564102

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035619 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0048229 gametophyte development 生物过程

GO:0051276 chromosome organization 生物过程

GO:0071163 DNA replication preinitiation complex assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0004693 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31270

ath:AT3G54710

hsa:79830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.908

排名 1 · LXL04_035619 · OH-1004

细胞质0.173

排名 2 · LXL04_035619 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_035619 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_035619 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_035619 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08839.18CDT1143-207 aa

PF16679.12CDT1_C458-546 aa

PF14291.12DUF4371708-824 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035619	`PF08839.18`	CDT1	143	207	2.1e-10	41.8
LXL04_035619	`PF16679.12`	CDT1_C	458	546	5.1e-19	69.3
LXL04_035619	`PF14291.12`	DUF4371	708	824	8e-31	108.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJW9`	拟南芥	CDT1-like protein a, chloroplastic	35.764%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1S9`	拟南芥	CDT1-like protein b	34.388%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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