LXL04_035544 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035544

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 24355976-24358300 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_035544|LXL04_035544|OH1004|cDNA

ATGTCACAAGAAGTCTACAGCGTCGGCGGTGGTAACGGTGGCGACGGTGCGGCCCCTCAAATATACTTCTGTTACCAATGCAATCGTACGGTGTCCATCAGACCTGCGCCGACCGCCTCCTCCGAACTCTTTTGTCCCAATTGTAACGGTGGGTTCCTAGAGGAATACgaaaaccctaaccctagccTGGGAACCCCAAATCCCTTTCTCCCATTCGAAGATGCTCCGCCTTTCCCCTCATTCTCTTCTGGCTTTCCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_035544|LXL04_035544|OH1004|CDS

ATGTCACAAGAAGTCTACAGCGTCGGCGGTGGTAACGGTGGCGACGGTGCGGCCCCTCAAATATACTTCTGTTACCAATGCAATCGTACGGTGTCCATCAGACCTGCGCCGACCGCCTCCTCCGAACTCTTTTGTCCCAATTGTAACGGTGGGTTCCTAGAGGAATACGAAAACCCTAACCCTAGCCTGGGAACCCCAAATCCCTTTCTCCCATTCGAAGATGCTCCGCCTTTCCCCTCATTCTCTTCTGGCTTTCCGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_035544|LXL04_035544|OH1004|PROTEIN

MSQEVYSVGGGNGGDGAAPQIYFCYQCNRTVSIRPAPTASSELFCPNCNGGFLEEYENPNPSLGTPNPFLPFEDAPPFPSFSSGFPLVFSSTPRAGAGSGDFQNPNDLSALFGGPMSRPGGVQNPGEFNPFAFLQNYLNTLRAGGANIQFVIENNTDGDPSGFRLPSNLGDYFIGPGLEQLIQQLAENDPNRYGTPPASKSAVENLPNIKITKQLLESDYSDCAVCKDSFELEEEAKQLPCKHMYHPDCIMPWLELHNSC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035544`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035544

位置 Chr08:24355976-24358300 (+)

描述 Similar to RING1: E3 ubiquitin-protein ligase RING1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At3g56580`	E3 泛素蛋白连接酶，可促进渗透应激和脱落酸反应。	The atrzf1 mutation of the novel RING-type E3 ubiquitin ligase increases proline contents and enhances drought tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2012.12.007 PCA22 acts as a suppressor of atrzf1 to mediate proline accumulation in response to abiotic stress in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx069
`At2g40830`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035544 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:1902006 negative regulation of L-proline biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40830

ath:AT3G19950

ath:AT3G56580

dosa:Os05g0488800

osa:4339152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.656

排名 1 · LXL04_035544 · OH-1004

细胞核0.383

排名 2 · LXL04_035544 · OH-1004

内质网0.104

排名 3 · LXL04_035544 · OH-1004

高尔基体0.068

排名 4 · LXL04_035544 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 5 · LXL04_035544 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14369.12Zn_ribbon_1921-56 aa

PF13639.13zf-RING_2222-264 aa

PF17123.12zf-RING_11222-250 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2223-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035544	`PF14369.12`	Zn_ribbon_19	21	56	1.4e-13	51.4
LXL04_035544	`PF13639.13`	zf-RING_2	222	264	1.2e-12	48.6
LXL04_035544	`PF17123.12`	zf-RING_11	222	250	7.2e-08	32.7
LXL04_035544	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	223	263	1.2e-08	35.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	53.608%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94AK4`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RZF1	37.652%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22197`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A	36.122%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6AVN2`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	33.708%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情