RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_035451
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 22827131-22830652 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3048 bp · LXL04_035451|LXL04_035451|OH1004|cDNA

ATGGAAAAGCCTGATGAAAAATCTGATAAACATTATCGGGAGCCAATTAATGATGTCACAACTGGAAAGAATAGAACTTCTGAAAACAAACAGCATACAACAAGTGAAACAAGCAACTTAGAGAGTGTGAGTTCAAGTCATAGCACTGAAAATGCTGAAAGTAAAGTTAATATGAAGATTACTGATACAAACAAGATCAACCATCCTAATGGCATAGAACATCCTGATGAACCAAAGAACACAGTGCCTTCTTCTTCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3048 bp · LXL04_035451|LXL04_035451|OH1004|CDS

ATGGAAAAGCCTGATGAAAAATCTGATAAACATTATCGGGAGCCAATTAATGATGTCACAACTGGAAAGAATAGAACTTCTGAAAACAAACAGCATACAACAAGTGAAACAAGCAACTTAGAGAGTGTGAGTTCAAGTCATAGCACTGAAAATGCTGAAAGTAAAGTTAATATGAAGATTACTGATACAAACAAGATCAACCATCCTAATGGCATAGAACATCCTGATGAACCAAAGAACACAGTGCCTTCTTCTTCCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1015 aa · LXL04_035451|LXL04_035451|OH1004|PROTEIN

MEKPDEKSDKHYREPINDVTTGKNRTSENKQHTTSETSNLESVSSSHSTENAESKVNMKITDTNKINHPNGIEHPDEPKNTVPSSSTSIDVEKSSHSSDEHENNKVSVGNQKEIVTETQKKELGTNNDGGKSPEEPSKPSEQVVEEEKVENAPATVNVKDSSADDSDESDVVEHDVKVCDICGDAGREDLLAICCRCIDGAEHTYCMKKMIDQVPEGDWLCEECKSSEEKRNTNSSGQTDTEPPLTFTKPVSKRPAGEEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_035451
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_035451
位置Chr08:22827131-22830652 (-)
描述Similar to BAZ2B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g02890 与AIPP3/BDT1和PAIPP2一起，协作形成BAH-PHD双功能组蛋白识别复合物，能够识别组蛋白H3赖氨酸27三甲基化（H3K27me3）和低甲基化H3K4组蛋白标记，以调控转录，特别是防止早期开花；促进AIPP3/BDT1与H3K27me3的结合。
A protein complex regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1710683114
Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-20089-0
At5g16680 与 AIPP2 和 AIPP3/BDT1 一起合作形成一个 BAH-PHD 双价组蛋白识别复合物，能够识别组蛋白 H3 赖氨酸 27 三甲基化（H3K27me3）和低甲基化的 H3K4 组蛋白标记，从而调控转录，特别是防止提前开花；促进 AIPP3/BDT1 与 H3K27me3 的结合。
Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-20089-0
At1g43770 与 AIPP3/BDT1 一起合作，形成一个 BAH-PHD 双价组蛋白读取复合物，能够读取组蛋白 H3 赖氨酸 27 三甲基化（H3K27me3）标记，以调控转录，特别是防止早期开花；促进 AIPP3/BDT1 与 H3K27me3 的结合。
A histone H3K27me3 reader cooperates with a family of PHD finger-containing proteins to regulate flowering time in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/jipb.13067
At5g61100 与 AIPP3/BDT1 一起合作，形成一个 BAH-PHD 双价组蛋白读取复合物，能够读取组蛋白 H3 赖氨酸 27 三甲基化（H3K27me3）标记，以调控转录，特别是防止早期开花；促进 AIPP3/BDT1 与 H3K27me3 的结合。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035451 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0042393 histone binding 分子功能
GO:0061628 histone H3K27me3 reader activity 分子功能
GO:0140566 histone reader activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G43770
ath:AT5G16680
ath:AT5G61100
gga:395400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972
排名 1 · LXL04_035451 · OH-1004
细胞质0.081
排名 2 · LXL04_035451 · OH-1004
细胞膜0.032
排名 3 · LXL04_035451 · OH-1004
内质网0.018
排名 4 · LXL04_035451 · OH-1004
质体0.011
排名 5 · LXL04_035451 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23121.2SPOC_AIPP2621-752 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_035451PF23121.2SPOC_AIPP26217525.3e-49166.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IYH6拟南芥ASI1-immunoprecipitated protein 234.367%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4KE59拟南芥Protein PARALOG OF AIPP234.828%Swiss-Prot中等数据库同源证据
B3H578拟南芥PHD finger-containing protein 133.766%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FNQ5拟南芥PHD finger-containing protein 538.095%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看