LXL04_035142 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035142

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 15470069-15473502 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_035142|LXL04_035142|OH1004|cDNA

ATGGAGGAAACATCATCACCCAACAAGAAAAGATTGATGGCGGAGCTCATTAGAGGCAGAGATTCTACTAAAAAGCTTCAGAATCTACTTCGCCGGAAAATTAACGATGATGGGTCGGTTTCAGCTGACGATCTTGTGATGAAAATACTGGGATCTTTCTCCGACAGCCTCTCGGTGTTGAGCTCTTGCGGATCCGGCGTTCCGTGTCCCATTCCGGTGAGTACCTACGTGGGCTCTGCTTGTTCCGGTGATGGGACGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_035142|LXL04_035142|OH1004|CDS

ATGGAGGAAACATCATCACCCAACAAGAAAAGATTGATGGCGGAGCTCATTAGAGGCAGAGATTCTACTAAAAAGCTTCAGAATCTACTTCGCCGGAAAATTAACGATGATGGGTCGGTTTCAGCTGACGATCTTGTGATGAAAATACTGGGATCTTTCTCCGACAGCCTCTCGGTGTTGAGCTCTTGCGGATCCGGCGTTCCGTGTCCCATTCCGGTGAGTACCTACGTGGGCTCTGCTTGTTCCGGTGATGGGACGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_035142|LXL04_035142|OH1004|PROTEIN

MEETSSPNKKRLMAELIRGRDSTKKLQNLLRRKINDDGSVSADDLVMKILGSFSDSLSVLSSCGSGVPCPIPVSTYVGSACSGDGTCDSGESEKKPATVVKDRRGCYKRRKTEDSRVEIVDKIEDGYAWRKYGQKEILNATFPRCYFRCTYKNEGCKALKQVQKLEDGSQMFHVTYYGHHTCQNIHKKTHMFSDAGALSCFLLDFEDSKTKHLPSSPSTITNVHITPSMEQEGDSNIQSDEHIPSSNYGQSCIASWNDIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035142`
TK1151 ID	TkA04G163480
OH-1004 ID	LXL04_035142
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.849 / OH-1004 76.901 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035142

位置 Chr08:15470069-15473502 (-)

描述 Similar to WRKY54: Probable WRKY transcription factor 54

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g40750`	转录因子。	WRKY54 and WRKY70 co-operate as negative regulators of leaf senescence in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err450 EDS1 contributes to nonhost resistance of Arabidopsis thaliana against Erwinia amylovora.2012 · DOI: 10.1094/mpmi-05-11-0111 Defense-related transcription factors WRKY70 and WRKY54 modulate osmotic stress tolerance by regulating stomatal aperture in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/nph.12378 Arabidopsis WRKY46, WRKY54, and WRKY70 Transcription Factors Are Involved in Brassinosteroid-Regulated Plant Growth and Drought Responses.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00364 WRKY70 and its homolog WRKY54 negatively modulate the cell wall-associated defenses to necrotrophic pathogens in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0183731
`At3g56400`	通过调节各种植物激素信号通路参与衰老、以及生物和非生物胁迫反应的转录因子。	WRKY70 modulates the selection of signaling pathways in plant defense.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02712.x The WRKY70 transcription factor of Arabidopsis influences both the plant senescence and defense signaling pathways.2007 · DOI: 10.1007/s00425-006-0474-y Arabidopsis WRKY70 is required for full RPP4-mediated disease resistance and basal defense against Hyaloperonospora parasitica.2007 · DOI: 10.1094/mpmi-20-2-0120 Transcription factor WRKY70 displays important but no indispensable roles in jasmonate and salicylic acid signaling.2008 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2008.00653.x WRKY54 and WRKY70 co-operate as negative regulators of leaf senescence in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err450 EDS1 contributes to nonhost resistance of Arabidopsis thaliana against Erwinia amylovora.2012 · DOI: 10.1094/mpmi-05-11-0111 Arabidopsis WRKY46 coordinates with WRKY70 and WRKY53 in basal resistance against pathogen Pseudomonas syringae.2012 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2011.12.003 Defense-related transcription factors WRKY70 and WRKY54 modulate osmotic stress tolerance by regulating stomatal aperture in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/nph.12378 Identification of a novel type of WRKY transcription factor binding site in elicitor-responsive cis-sequences from Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1007/s11103-013-0136-y Density-dependent interference of aphids with caterpillar-induced defenses in Arabidopsis: involvement of phytohormones and transcription factors.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcu150 Transcription factors WRKY70 and WRKY11 served as regulators in rhizobacterium Bacillus cereus AR156-induced systemic resistance to Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erv445 Arabidopsis WRKY46, WRKY54, and WRKY70 Transcription Factors Are Involved in Brassinosteroid-Regulated Plant Growth and Drought Responses.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00364 WRKY70 and its homolog WRKY54 negatively modulate the cell wall-associated defenses to necrotrophic pathogens in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0183731

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8AWM1`	转录激活因子，参与对病原体的防御反应。	暂无已核实直接文献
`Os05g0322900`	转录激活因子，参与对病原体的防御反应。	Rice WRKY45 plays a crucial role in benzothiadiazole-inducible blast resistance.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.046250 A pair of allelic WRKY genes play opposite roles in rice-bacteria interactions.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.145623 Abscisic acid interacts antagonistically with salicylic acid signaling pathway in rice-Magnaporthe grisea interaction.2010 · DOI: 10.1094/mpmi-23-6-0791 OsWRKY45 alleles play different roles in abscisic acid signalling and salt stress tolerance but similar roles in drought and cold tolerance in rice.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err144 Rice WRKY45 plays important roles in fungal and bacterial disease resistance.2012 · DOI: 10.1111/j.1364-3703.2011.00732.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035142 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0002215 defense response to nematode 生物过程

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40750

ath:AT3G56400

dosa:Os05g0322900

osa:4338413

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.927

排名 1 · LXL04_035142 · OH-1004

细胞质0.126

排名 2 · LXL04_035142 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_035142 · OH-1004

内质网0.025

排名 4 · LXL04_035142 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_035142 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03106.22WRKY124-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035142	`PF03106.22`	WRKY	124	183	9.2e-24	84.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93WU8`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 54	33.904%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LY00`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 70	38.431%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8AWM1`	水稻	Transcription factor WRKY45-2	32.620%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5W6D6`	水稻	Transcription factor WRKY45-1	32.620%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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