LXL04_035052 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035052

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 12436433-12439266 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1731 bp · LXL04_035052|LXL04_035052|OH1004|cDNA

ATGGCTGCTAAAGGCAAAATGTCAGAAAAGAAAGCAAGCAGAAAGGAGCAAAGTAAGGAGGTTGTTTCTGTCAAAAGTAAAAAGAAGAATGAGATTGTGAGCGAGTCTGAGTCTGATAGTGATGAAGGAGGGGATTCGGGGTCTGAATTGTCGTTGGATACATTGGGAGACGTTTTTTCACAAGGCAGCGAAGACGAAGATATGGGGTCGGGGTCAGGTTTGGATACTGATTCTGATTCTGATGATGATGCTGAGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1731 bp · LXL04_035052|LXL04_035052|OH1004|CDS

ATGGCTGCTAAAGGCAAAATGTCAGAAAAGAAAGCAAGCAGAAAGGAGCAAAGTAAGGAGGTTGTTTCTGTCAAAAGTAAAAAGAAGAATGAGATTGTGAGCGAGTCTGAGTCTGATAGTGATGAAGGAGGGGATTCGGGGTCTGAATTGTCGTTGGATACATTGGGAGACGTTTTTTCACAAGGCAGCGAAGACGAAGATATGGGGTCGGGGTCAGGTTTGGATACTGATTCTGATTCTGATGATGATGCTGAGAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

576 aa · LXL04_035052|LXL04_035052|OH1004|PROTEIN

MAAKGKMSEKKASRKEQSKEVVSVKSKKKNEIVSESESDSDEGGDSGSELSLDTLGDVFSQGSEDEDMGSGSGLDTDSDSDDDAEKKSKAIDEAKEMEEKEGEEELQLNIKEQPDEFRLPTHEELEEEARGPPDLTGLQQRIKEIVRILSNFGNLRQEGATRKEYVEQLKLDLGSYYGYNEFLISSFVEMFPPVELMELIEAFEKPRPVTLRTNTLKTRRRDLAGVLLNRGINLDPLSKWSKVGLVVYDHQVPYGATPEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035052`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035052

位置 Chr08:12436433-12439266 (+)

描述 Similar to NOP2B: 26S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26600`	参与核糖体大亚基组装（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At5g55920`	参与核糖体大亚基的组装，必需于rRNA加工的正常进行。	Coordination of cell proliferation and cell expansion mediated by ribosome-related processes in the leaves of Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03886.x Conservation of tRNA and rRNA 5-methylcytosine in the kingdom Plantae.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0580-8 Two Nucleolar Proteins, GDP1 and OLI2, Function As Ribosome Biogenesis Factors and Are Preferentially Involved in Promotion of Leaf Cell Proliferation without Strongly Affecting Leaf Adaxial-Abaxial Patterning in Arabidopsis thaliana .2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.02240

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035052 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0000470 maturation of LSU-rRNA 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0040018 positive regulation of multicellular organism growth 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0070475 rRNA base methylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26600

ath:AT5G55920

cel:CELE_W07E6.1

hsa:4839

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935

排名 1 · LXL04_035052 · OH-1004

细胞质0.117

排名 2 · LXL04_035052 · OH-1004

线粒体0.021

排名 3 · LXL04_035052 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_035052 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_035052 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17125.11Methyltr_RsmF_N190-270 aa

PF01189.24Methyltr_RsmB-F276-486 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035052	`PF17125.11`	Methyltr_RsmF_N	190	270	2.3e-07	31.9
LXL04_035052	`PF01189.24`	Methyltr_RsmB-F	276	486	2e-69	234.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYM6`	拟南芥	26S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2B	58.626%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FG73`	拟南芥	25S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2A	69.247%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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