LXL04_034970 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034970

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 7936670-7939537 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2082 bp · LXL04_034970|LXL04_034970|OH1004|cDNA

ATGGAGCGTGGGTCGAACTCAAAATCGAACAATAAAGTGGACAAACAAAAGGGTAAAAAGCTGGGTTCGAAAATCGAGCCTTTTGTATCTCAAGGAGACCACAATGCGAGAGATTTGAGATCCTGGGCCAAGAGAACCGGTTTTGTTTCTATTTTTTCCGGCGAAGTTGGGAGTTCGAGCTTCGTGCGCGAGAGAGATAGGAGCAGTACGAACAGAGATGGGTTTCGTGATGCGAGCGGCGGAGCTTCAATGTCTCCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2082 bp · LXL04_034970|LXL04_034970|OH1004|CDS

ATGGAGCGTGGGTCGAACTCAAAATCGAACAATAAAGTGGACAAACAAAAGGGTAAAAAGCTGGGTTCGAAAATCGAGCCTTTTGTATCTCAAGGAGACCACAATGCGAGAGATTTGAGATCCTGGGCCAAGAGAACCGGTTTTGTTTCTATTTTTTCCGGCGAAGTTGGGAGTTCGAGCTTCGTGCGCGAGAGAGATAGGAGCAGTACGAACAGAGATGGGTTTCGTGATGCGAGCGGCGGAGCTTCAATGTCTCCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

693 aa · LXL04_034970|LXL04_034970|OH1004|PROTEIN

MERGSNSKSNNKVDKQKGKKLGSKIEPFVSQGDHNARDLRSWAKRTGFVSIFSGEVGSSSFVRERDRSSTNRDGFRDASGGASMSPKVEIDPVLGTTTNTSLEIEPDLNRNRNDSDTDPILPERDKIYDEYVGRHESIDIQYPGGKGESEWNQPEMKCGIRDNPGFVPLMYYGMQHYLSLAGSLIFIPLIIVPTMGGTDKDTATVISTTMLVSGLTTILQSYFGTRLPLVHGSSFVFLAPVLVISNAHEYRNLTQNKFSH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034970`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034970

位置 Chr08:7936670-7939537 (-)

描述 Similar to NAT11: Nucleobase-ascorbate transporter 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38050`	核苷酸-抗坏血酸转运蛋白 11。	暂无已核实直接文献
`At2g27810`	核苷碱-抗坏血酸转运蛋白 12。	暂无已核实直接文献
`At1g60030`	核苷酸-抗坏血酸转运蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At5g62890`	核碱基-抗坏血酸转运蛋白6。	暂无已核实直接文献
`At5g49990`	核碱基-抗坏血酸转运蛋白 5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034970 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0035344 hypoxanthine transport 生物过程

GO:0098702 adenine import across plasma membrane 生物过程

GO:0098710 guanine import across plasma membrane 生物过程

GO:0098721 uracil import across plasma membrane 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60030

ath:AT2G27810

ath:AT4G38050

ath:AT5G49990

ath:AT5G62890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.467

排名 1 · LXL04_034970 · OH-1004

溶酶体／液泡0.284

排名 2 · LXL04_034970 · OH-1004

内质网0.129

排名 3 · LXL04_034970 · OH-1004

细胞质0.118

排名 4 · LXL04_034970 · OH-1004

高尔基体0.073

排名 5 · LXL04_034970 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00860.27Xan_ur_permease169-588 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034970	`PF00860.27`	Xan_ur_permease	169	588	2.1e-64	218.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6SZ87`	拟南芥	Nucleobase-ascorbate transporter 11	62.894%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3E7D0`	拟南芥	Nucleobase-ascorbate transporter 12	49.927%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WPE9`	拟南芥	Nucleobase-ascorbate transporter 7	39.038%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q27GI3`	拟南芥	Nucleobase-ascorbate transporter 6	37.546%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RWE9`	拟南芥	Nucleobase-ascorbate transporter 5	38.104%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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