LXL04_034794 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034794

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 264067-267821 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1479 bp · LXL04_034794|LXL04_034794|OH1004|cDNA

ATGCATCTTCGCAAAACCAACATTCTCTTGGTTTGCCTTTTAACTTCTCTCTTATCTATCATTAAGGCCACTCTTAATCTCACGCTTCCTTATCAACACCCTAATCCTGAAGCTGTTGTTCAAGAAGTACAGAGGCAAGTAAATGTATCGATATATAGAAGAGAAATGCTGGACATCGGCGGCGGTTGTCTCACCGGAAACCCAATAGACGATTGCTGGAAGTGCGACCCGAACTGGGGCAACGACCGGCAACGCCTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1479 bp · LXL04_034794|LXL04_034794|OH1004|CDS

ATGCATCTTCGCAAAACCAACATTCTCTTGGTTTGCCTTTTAACTTCTCTCTTATCTATCATTAAGGCCACTCTTAATCTCACGCTTCCTTATCAACACCCTAATCCTGAAGCTGTTGTTCAAGAAGTACAGAGGCAAGTAAATGTATCGATATATAGAAGAGAAATGCTGGACATCGGCGGCGGTTGTCTCACCGGAAACCCAATAGACGATTGCTGGAAGTGCGACCCGAACTGGGGCAACGACCGGCAACGCCTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

492 aa · LXL04_034794|LXL04_034794|OH1004|PROTEIN

MHLRKTNILLVCLLTSLLSIIKATLNLTLPYQHPNPEAVVQEVQRQVNVSIYRREMLDIGGGCLTGNPIDDCWKCDPNWGNDRQRLADCGIGFGRFALGGKGGQYYIVTDSSDTDVINPAPGTLRYAVLLPEPLWIIFASSMLIKLKHELIVNSYKTIDGRGVNVAITGGGCITLQYVTNIIIHNIRVYDCKPSGNADIRSSPTHVGRRGLSDGDGISISGGRNIWIDHCSLSHCTDGLIDAILGSTAITISNSYFTHHN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034794`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034794

位置 Chr08:264067-267821 (-)

描述 Similar to PMR6: Probable pectate lyase 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54920`	感病因子，绝大多数白粉病菌感染所必需，但与无关病原无关。	PMR6, a pectate lyase-like gene required for powdery mildew susceptibility in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.003509
`At3g53190`	可能的果胶酸裂解酶 12。	暂无已核实直接文献
`At4g13710`	可能的果胶酸裂解酶 15。	暂无已核实直接文献
`At1g04680`	可能的果胶酸裂解酶 1。	暂无已核实直接文献
`At1g67750`	可能的果胶酸裂解酶5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034794 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0042547 cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

GO:0030570 pectate lyase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04680

ath:AT1G67750

ath:AT3G53190

ath:AT3G54920

ath:AT4G13710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.311

排名 1 · LXL04_034794 · OH-1004

溶酶体／液泡0.291

排名 2 · LXL04_034794 · OH-1004

细胞质0.174

排名 3 · LXL04_034794 · OH-1004

细胞膜0.146

排名 4 · LXL04_034794 · OH-1004

内质网0.141

排名 5 · LXL04_034794 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00544.26Pectate_lyase_4147-356 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034794	`PF00544.26`	Pectate_lyase_4	147	356	2.2e-22	80.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z04`	拟南芥	Probable pectate lyase 13	60.334%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCP2`	拟南芥	Probable pectate lyase 12	58.471%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q944R1`	拟南芥	Probable pectate lyase 15	61.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q940Q1`	拟南芥	Probable pectate lyase 1	62.533%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FXD8`	拟南芥	Probable pectate lyase 5	64.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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