LXL04_034351 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034351

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 97390179-97391381 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

927 bp · LXL04_034351|LXL04_034351|OH1004|cDNA

ATGTCAACAATGTCGACCGTAATATCGTATTTTGACGATGGACGAGATAATCCAGAGGTGATCGATCCTCCTCAAATTGAAGATGCCATGGATGTGACCGAACATGTTCACGACCCTTCCCAAATCGCTTCAAAACCTAACGTACTCGCCACAAGCAGTGTTCGTGATTTATTGGAGTGTCCTGTTTGCTTAAATGCCATGTACCCTCCTATCCATCAGTGTTCGAATGGTCACACATTATGTTCCGGATGCAAGCCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · LXL04_034351|LXL04_034351|OH1004|CDS

ATGTCAACAATGTCGACCGTAATATCGTATTTTGACGATGGACGAGATAATCCAGAGGTGATCGATCCTCCTCAAATTGAAGATGCCATGGATGTGACCGAACATGTTCACGACCCTTCCCAAATCGCTTCAAAACCTAACGTACTCGCCACAAGCAGTGTTCGTGATTTATTGGAGTGTCCTGTTTGCTTAAATGCCATGTACCCTCCTATCCATCAGTGTTCGAATGGTCACACATTATGTTCCGGATGCAAGCCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · LXL04_034351|LXL04_034351|OH1004|PROTEIN

MSTMSTVISYFDDGRDNPEVIDPPQIEDAMDVTEHVHDPSQIASKPNVLATSSVRDLLECPVCLNAMYPPIHQCSNGHTLCSGCKPHVHNRCPTCRHELGNIRCLALEKVAASLELPCKFQCYGCVGIYPYYSKLKHELQCVFRPYNCPYAGSECTVVGDIPHLVNHLKDGHKVDMHNGSTFNHRYVKSNPHEVENATWMLTVFSCFGQYFCLHFEAFQLGMAPVYIAFLRFMGDDDEAKNYSYSLEVGGNGRKMTWQGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034351`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034351

位置 Chr07:97390179-97391381 (+)

描述 Similar to DIS1: E3 ubiquitin-protein ligase DIS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53360`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	SINAT5 promotes ubiquitin-related degradation of NAC1 to attenuate auxin signals.2002 · DOI: 10.1038/nature00998 SINAT E3 ligases regulate the stability of the ESCRT component FREE1 in response to iron deficiency in plants.2020 · DOI: 10.1111/jipb.13005
`At3g61790`	E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	SINAT E3 Ubiquitin Ligases Mediate FREE1 and VPS23A Degradation to Modulate Abscisic Acid Signaling.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00267
`At4g27880`	E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	SINAT E3 Ubiquitin Ligases Mediate FREE1 and VPS23A Degradation to Modulate Abscisic Acid Signaling.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00267
`At3g58040`	E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	TRAF Family Proteins Regulate Autophagy Dynamics by Modulating AUTOPHAGY PROTEIN6 Stability in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00056 SINAT E3 Ubiquitin Ligases Mediate FREE1 and VPS23A Degradation to Modulate Abscisic Acid Signaling.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00267

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0356414`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	The SINA E3 ligase OsDIS1 negatively regulates drought response in rice.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180893

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034351 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:2000785 regulation of autophagosome assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005771 multivesicular body 细胞组分

GO:0005776 autophagosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58040

ath:AT3G61790

ath:AT4G27880

ath:AT5G53360

dosa:Os03g0356414

osa:9266295

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.637

排名 1 · LXL04_034351 · OH-1004

细胞核0.413

排名 2 · LXL04_034351 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 3 · LXL04_034351 · OH-1004

内质网0.066

排名 4 · LXL04_034351 · OH-1004

线粒体0.065

排名 5 · LXL04_034351 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21362.4Sina_RING60-95 aa

PF21361.4Sina_ZnF109-184 aa

PF03145.23Sina_TRAF204-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034351	`PF21362.4`	Sina_RING	60	95	5.4e-13	49.6
LXL04_034351	`PF21361.4`	Sina_ZnF	109	184	3.4e-27	95.4
LXL04_034351	`PF03145.23`	Sina_TRAF	204	301	3.7e-34	117.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S3N1`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT5	79.554%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84JL3`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT3	81.853%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STN8`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT4	78.810%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2P4`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINAT2	78.030%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10L91`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase DIS1	85.050%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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