LXL04_034167 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034167

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 86845263-86851341 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3405 bp · LXL04_034167|LXL04_034167|OH1004|cDNA

ATGGGTACATCGGCGTGCATAAAGGAAGTGGATAGATCGGCATTGGTGGCGTTTGCCCCCGATGCGCCCTTCCTTGCCGCCGGAACTATGGCTGGAGCCGTAGACATGTCGTTCAGTTCGTCTGCAAATCTTGAAATCCTCAACCTTGATTTCCGATCTGATGATCGTGACCTTCCGTTATCCGGTGCTATACCAAGTTCAGAACCGTTTAATCGGTTGTCTTGGGGGAAATCACCATCATCTGGTTCGGAAGAATTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3405 bp · LXL04_034167|LXL04_034167|OH1004|CDS

ATGGGTACATCGGCGTGCATAAAGGAAGTGGATAGATCGGCATTGGTGGCGTTTGCCCCCGATGCGCCCTTCCTTGCCGCCGGAACTATGGCTGGAGCCGTAGACATGTCGTTCAGTTCGTCTGCAAATCTTGAAATCCTCAACCTTGATTTCCGATCTGATGATCGTGACCTTCCGTTATCCGGTGCTATACCAAGTTCAGAACCGTTTAATCGGTTGTCTTGGGGGAAATCACCATCATCTGGTTCGGAAGAATTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1134 aa · LXL04_034167|LXL04_034167|OH1004|PROTEIN

MGTSACIKEVDRSALVAFAPDAPFLAAGTMAGAVDMSFSSSANLEILNLDFRSDDRDLPLSGAIPSSEPFNRLSWGKSPSSGSEEFSLGLIAGGLVDGNIGVWNPSVLMRYATASDALLSQLLHDHTPPIPQNYSTICDTMFIFQWKSHYLFIFIDSSSEEGENALVQQLSRHKGPVRGLEFSSLSPNHLASGAEEGRICIWDLTKPTEPTHFPPLKGSESSTHGEIAYLSWNKKVQPILASTSFYGTTVVWDLRKQKPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034167`
TK1151 ID	TkA08G373600
OH-1004 ID	LXL04_034167
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.001 / OH-1004 62.081 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034167

位置 Chr07:86845263-86851341 (+)

描述 Similar to SEC31B: Protein transport protein SEC31 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63460`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献
`At1g18830`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0030120 vesicle coat 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18830

ath:AT3G63460

gga:422597

mmu:69162

pon:100173999

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · LXL04_034167 · OH-1004

细胞核0.246

排名 2 · LXL04_034167 · OH-1004

高尔基体0.198

排名 3 · LXL04_034167 · OH-1004

溶酶体／液泡0.106

排名 4 · LXL04_034167 · OH-1004

内质网0.089

排名 5 · LXL04_034167 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1160-279 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd160-264 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz161-369 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz163-207 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st163-388 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5165-260 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3173-303 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2188-355 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034167	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	160	279	2.9e-14	53.6
LXL04_034167	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	160	264	8.1e-13	48.8
LXL04_034167	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	161	369	2.9e-22	80.0
LXL04_034167	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	163	207	2.9e-22	80.0
LXL04_034167	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	163	388	4.3e-17	63.1
LXL04_034167	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	165	260	6.7e-20	72.2
LXL04_034167	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	173	303	5.9e-20	72.1
LXL04_034167	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	188	355	2.1e-09	37.9
LXL04_034167	`PF24814.2`	WD40_Prp19	222	353	2.4e-13	50.5
LXL04_034167	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	240	357	1e-10	42.0
LXL04_034167	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	248	389	9.2e-16	58.8
LXL04_034167	`PF29037.1`	DSE1_N	271	347	7.6e-10	39.1
LXL04_034167	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	283	389	6.7e-20	72.2
LXL04_034167	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	295	388	5.9e-20	72.1
LXL04_034167	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	296	400	8.1e-13	48.8
LXL04_034167	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	304	389	2.9e-14	53.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L611`	拟南芥	Protein transport protein SEC31 homolog B	58.136%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4ICD9`	拟南芥	Protein transport protein SEC31 homolog A	49.432%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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