LXL04_034121 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034121

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 83091110-83093745 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1152 bp · LXL04_034121|LXL04_034121|OH1004|cDNA

atgGCAGTCACCACCTCCACTCCCATCCGATCTCTATTCATCCAATCGCCGAACACCCACCACCGACGTCACAGCCATCACCGCCACCATGTTCCCCTCAATCTCAAACCCGTCACCCAAACTCGCAAAACCCATCTCTCATTTACTCTCAATAACCTCCACAAACGTCCTTCCCCACTAACTATCGCATATTCCGGTGGGAATGGCGGCGACGGCGTAGGCGGAaccggaggaggaggaggaggaggggGAGAAGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · LXL04_034121|LXL04_034121|OH1004|CDS

ATGGCAGTCACCACCTCCACTCCCATCCGATCTCTATTCATCCAATCGCCGAACACCCACCACCGACGTCACAGCCATCACCGCCACCATGTTCCCCTCAATCTCAAACCCGTCACCCAAACTCGCAAAACCCATCTCTCATTTACTCTCAATAACCTCCACAAACGTCCTTCCCCACTAACTATCGCATATTCCGGTGGGAATGGCGGCGACGGCGTAGGCGGAACCGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGGGAGAAGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · LXL04_034121|LXL04_034121|OH1004|PROTEIN

MAVTTSTPIRSLFIQSPNTHHRRHSHHRHHVPLNLKPVTQTRKTHLSFTLNNLHKRPSPLTIAYSGGNGGDGVGGTGGGGGGGGEGGGDDDDAGEKNKSEAFLILAEAGRSLESIPKDIAASIDAGKIPGSIVKRYLELEKSTVFRWLLQFSGFKERLLADDLFLTKVGIECGVGIFTKSAAELEKRRENFSKELDFVCADVIMAIIADFMLVWLPAPTVSLRPPVAVSAGIVAKFFSGCPDNAFQVALAGTSYSLLQRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034121`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034121

位置 Chr07:83091110-83093745 (+)

描述 Similar to RER4: Protein RETICULATA-RELATED 4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g12470`	可能在叶子发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g40400`	可能在叶子发育中发挥作用。	Functional Redundancy and Divergence within the Arabidopsis RETICULATA-RELATED Gene Family.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.217323
`At3g56140`	可能在叶子发育中发挥作用。	Functional Redundancy and Divergence within the Arabidopsis RETICULATA-RELATED Gene Family.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.217323
`At5g22790`	可能在叶子发育中发挥作用。	Functional Redundancy and Divergence within the Arabidopsis RETICULATA-RELATED Gene Family.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.217323
`At2g37860`	可能在叶子发育中发挥作用。	The lower cell density of leaf parenchyma in the Arabidopsis thaliana mutant lcd1-1 is associated with increased sensitivity to ozone and virulent Pseudomonas syringae.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01795.x Mutations in the RETICULATA gene dramatically alter internal architecture but have little effect on overall organ shape in Arabidopsis leaves.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl063

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034121 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0008652 amino acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009648 photoperiodism 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0015822 ornithine transport 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37860

ath:AT2G40400

ath:AT3G56140

ath:AT5G12470

ath:AT5G22790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.825

排名 1 · LXL04_034121 · OH-1004

线粒体0.130

排名 2 · LXL04_034121 · OH-1004

细胞核0.046

排名 3 · LXL04_034121 · OH-1004

细胞质0.028

排名 4 · LXL04_034121 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_034121 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11891.14RETICULATA-like156-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034121	`PF11891.14`	RETICULATA-like	156	333	7.2e-64	215.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94CJ5`	拟南芥	Protein RETICULATA-RELATED 4, chloroplastic	71.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIY5`	拟南芥	Protein RETICULATA-RELATED 5, chloroplastic	37.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RWG3`	拟南芥	Protein RETICULATA-RELATED 6, chloroplastic	36.735%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FGP9`	拟南芥	Protein RETICULATA-RELATED 1, chloroplastic	29.758%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9DFK5`	拟南芥	Protein RETICULATA, chloroplastic	29.286%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情