LXL04_033671 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033671

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 52583553-52585890 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1892 bp · LXL04_033671|LXL04_033671|OH1004|cDNA

AAGATCTACCTACTTCCAACCTCAGCTCCCCCACCATCTTCTACTCCTCCCATATGTCGCCGCTTGCGCACCTTAAATCTCTTTAGAAAAATCCAACAACGACCCTGCCTTCCCCATCTCCTCCGATTGCTATCCATGTATCTTCACCAAATTTAAAAGACATGTCTTCTTCAGGGGTCAACCTTGAAAATTATCTAATTCCGTTGGAGGAAATCACTCGTGCCACGGAAAACTTCATTCAAGAAAGATGTATTGGAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1788 bp · LXL04_033671|LXL04_033671|OH1004|CDS

CTGCCTTCCCCATCTCCTCCGATTGCTATCCATGTATCTTCACCAAATTTAAAAGACATGTCTTCTTCAGGGGTCAACCTTGAAAATTATCTAATTCCGTTGGAGGAAATCACTCGTGCCACGGAAAACTTCATTCAAGAAAGATGTATTGGAGGCGGTGGATTTGGTTTAGTCTACAAAGGCCAACTTTCTGACCGATGGCAAAACCGTACAGCTGCTATCAAACGGCTAGGTCGAGATAGCTGCCAAGGAGAGCGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

595 aa · LXL04_033671|LXL04_033671|OH1004|PROTEIN

MPSPSPPIAIHVSSPNLKDMSSSGVNLENYLIPLEEITRATENFIQERCIGGGGFGLVYKGQLSDRWQNRTAAIKRLGRDSCQGEREFRTELEMISRFHHENIISFIGYCDEGNEMILVYDYAINGSLDHHLQDPSKMCCITWTQRLKICIGAARGLNYLHSGLGEHNRVIHRDVKSSNILLDENLVAKICDFGLSKVGPRNQPDTQLYTRVAGTQFYLDPTYHESRILRKESDVYSFGIVMFEILSGMLVYRENNEQQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033671`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033671

位置 Chr07:52583553-52585890 (-)

描述 Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g28830`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0570000`	E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。	Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171 SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
`UniProt: A2ZLU6`	与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033671 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28830

ath:AT3G46510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.516

排名 1 · LXL04_033671 · OH-1004

细胞膜0.319

排名 2 · LXL04_033671 · OH-1004

细胞核0.303

排名 3 · LXL04_033671 · OH-1004

高尔基体0.044

排名 4 · LXL04_033671 · OH-1004

内质网0.043

排名 5 · LXL04_033671 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase46-316 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr47-317 aa

PF25598.2ARM_PUB348-582 aa

PF24768.2ARM_ARMC5354-516 aa

PF00514.30Arm369-408 aa

PF00514.30Arm412-449 aa

PF00514.30Arm534-573 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033671	`PF00069.32`	Pkinase	46	316	9e-45	153.8
LXL04_033671	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	47	317	1.8e-44	152.7
LXL04_033671	`PF25598.2`	ARM_PUB	348	582	1.1e-17	65.1
LXL04_033671	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	354	516	1.6e-13	51.4
LXL04_033671	`PF00514.30`	Arm	369	408	2.8e-36	123.1
LXL04_033671	`PF00514.30`	Arm	412	449	2.8e-36	123.1
LXL04_033671	`PF00514.30`	Arm	534	573	2.8e-36	123.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	62.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZV31`	拟南芥	U-box domain-containing protein 12	61.224%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0IMG9`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SPL11	64.348%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2ZLU6`	水稻	Protein spotted leaf 11	64.348%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	57.661%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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