LXL04_033208 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033208

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 38322345-38325415 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2997 bp · LXL04_033208|LXL04_033208|OH1004|cDNA

ATGGGTTTTCTTGAGTTTTTTATTTTCGCATTAATCTCAGTTTCTTCATTTAGATGTTGCAAGAGTATTGATGATagtaatgatgatgatgatgttctaGGGCTTCTAGCATTCAAAGCCGACATTATCGACTCATCATCTCATCTATCTTCATGGAATCAAGACGACAGCTCCCCATGTTCCTGGAAGTTCGTAACGTGTAATCCGGCCACCGGAAGAGTCACCGAGGTGTCTCTCGTCGGCTTAGGTCTCTCCGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2997 bp · LXL04_033208|LXL04_033208|OH1004|CDS

ATGGGTTTTCTTGAGTTTTTTATTTTCGCATTAATCTCAGTTTCTTCATTTAGATGTTGCAAGAGTATTGATGATAGTAATGATGATGATGATGTTCTAGGGCTTCTAGCATTCAAAGCCGACATTATCGACTCATCATCTCATCTATCTTCATGGAATCAAGACGACAGCTCCCCATGTTCCTGGAAGTTCGTAACGTGTAATCCGGCCACCGGAAGAGTCACCGAGGTGTCTCTCGTCGGCTTAGGTCTCTCCGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

998 aa · LXL04_033208|LXL04_033208|OH1004|PROTEIN

MGFLEFFIFALISVSSFRCCKSIDDSNDDDDVLGLLAFKADIIDSSSHLSSWNQDDSSPCSWKFVTCNPATGRVTEVSLVGLGLSGKIGRGLEKLQNLQVLSLARNNLTGNLNPHLNNLQALNISGNFFSGSIPPSLINSGRIKFLDLSENYLSGPIPSDTFSTCSSLRVLSLSKNDLQGPIPSSISQCTSLNHLNLSKNRFSGTPDFSTGLWLLTRIRTLDLSHNALSGRVPNGVSGLHYLKELLLQHNHFSGGLPSDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033208`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033208

位置 Chr07:38322345-38325415 (-)

描述 Similar to At3g28040: Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g28040

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28040`	可能失活的富亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At3g28040。	暂无已核实直接文献
`At3g56370`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRK。	暂无已核实直接文献
`At5g01890`	富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶，可能参与维管组织发育。	暂无已核实直接文献
`At4g28650`	参与调控维管组织发育过程中原形成层的维持和极性。	A receptor heteromer mediates the male perception of female attractants in plants.2016 · DOI: 10.1038/nature16975
`At3g49670`	富含LRR的类受体激酶（LRR-RLK），涉及CLAVATA家族肽（CLEs）的检测，以及通过CIK蛋白的磷酸化调节触发信号以促进原韧皮部分化和分生组织维持，可能还包括PBL34、PBL35和PBL36。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033208 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048229 gametophyte development 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048437 floral organ development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28040

ath:AT3G49670

ath:AT3G56370

ath:AT4G28650

ath:AT5G01890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.869

排名 1 · LXL04_033208 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_033208 · OH-1004

细胞质0.062

排名 3 · LXL04_033208 · OH-1004

细胞核0.050

排名 4 · LXL04_033208 · OH-1004

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · LXL04_033208 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_229-68 aa

PF13855.13LRR_8146-202 aa

PF13855.13LRR_8215-252 aa

PF23598.2LRR_14219-341 aa

PF13855.13LRR_8265-300 aa

PF23598.2LRR_14283-346 aa

PF12799.14LRR_4289-325 aa

PF13855.13LRR_8290-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033208	`PF08263.18`	LRRNT_2	29	68	4.6e-13	49.9
LXL04_033208	`PF13855.13`	LRR_8	146	202	6.8e-44	148.2
LXL04_033208	`PF13855.13`	LRR_8	215	252	6.8e-44	148.2
LXL04_033208	`PF23598.2`	LRR_14	219	341	1.3e-19	70.9
LXL04_033208	`PF13855.13`	LRR_8	265	300	6.8e-44	148.2
LXL04_033208	`PF23598.2`	LRR_14	283	346	1.3e-19	70.9
LXL04_033208	`PF12799.14`	LRR_4	289	325	6.8e-31	106.3
LXL04_033208	`PF13855.13`	LRR_8	290	348	6.8e-44	148.2
LXL04_033208	`PF23598.2`	LRR_14	432	536	1.3e-19	70.9
LXL04_033208	`PF13855.13`	LRR_8	481	540	6.8e-44	148.2
LXL04_033208	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	714	984	6.5e-41	141.1
LXL04_033208	`PF00069.32`	Pkinase	714	982	4.1e-38	132.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRT1`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g28040	58.987%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LY03`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK	43.693%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZV7`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC2	41.625%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0G7`	拟南芥	MDIS1-interacting receptor like kinase 1	32.520%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2Z1`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM2	32.942%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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