LXL04_032978 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032978

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 32608588-32613686 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2853 bp · LXL04_032978|LXL04_032978|OH1004|cDNA

ATGTCaggaagaggaagaggaagGGGCCGTGGTCGTGGACGTGGCGGCGGTCCACCGTCGGAACAGTTAACGAACCTGTCTCTTGGTTCACCGTCGCCATCGACAGCAACGCCTGCCGCTACAGTAGTTTCTACCGGTAGAGTTCCGCAGCAACCGGCAATGCAGCAGAGTTCGGTTCAAGCTCCACCGGCACCGGTGGTTACTGCACAACAGGCGTCGAACGCACCAACACCGCCGCAGGCTTTAACGGTGGCCCCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2853 bp · LXL04_032978|LXL04_032978|OH1004|CDS

ATGTCAGGAAGAGGAAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGTGGACGTGGCGGCGGTCCACCGTCGGAACAGTTAACGAACCTGTCTCTTGGTTCACCGTCGCCATCGACAGCAACGCCTGCCGCTACAGTAGTTTCTACCGGTAGAGTTCCGCAGCAACCGGCAATGCAGCAGAGTTCGGTTCAAGCTCCACCGGCACCGGTGGTTACTGCACAACAGGCGTCGAACGCACCAACACCGCCGCAGGCTTTAACGGTGGCCCCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

950 aa · LXL04_032978|LXL04_032978|OH1004|PROTEIN

MSGRGRGRGRGRGRGGGPPSEQLTNLSLGSPSPSTATPAATVVSTGRVPQQPAMQQSSVQAPPAPVVTAQQASNAPTPPQALTVAPTSTKMIKAPPRTGLGTLGRKCVIRANHFRVVLGEKDPYQYDVTITPEVISKPKSREILKMLCKLYKQSHLGNMLLAYDGTKSAFTAGPLPFESKEFVVNLTEANGREKEFKVNIKFAAIKDLDYLKQFLNRRQHDNPQETIQALDVVLREAATKENRQIVGRSLFSVEFGKGVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032978`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032978

位置 Chr07:32608588-32613686 (+)

描述 Similar to AGO1: Protein argonaute 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48410`	参与 RNA 介导的转录后基因沉默。	Arabidopsis ARGONAUTE1 is an RNA Slicer that selectively recruits microRNAs and short interfering RNAs.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0505461102 Cucumber mosaic virus-encoded 2b suppressor inhibits Arabidopsis Argonaute1 cleavage activity to counter plant defense.2006 · DOI: 10.1101/gad.1495506 Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.02.034 Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105 Redundant and specific roles of the ARGONAUTE proteins AGO1 and ZLL in development and small RNA-directed gene silencing.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000646 The Arabidopsis thaliana double-stranded RNA binding protein DRB1 directs guide strand selection from microRNA duplexes.2009 · DOI: 10.1261/rna.1646909 Unique functionality of 22-nt miRNAs in triggering RDR6-dependent siRNA biogenesis from target transcripts in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1038/nsmb.1866 AGO1 defines a novel locus of Arabidopsis controlling leaf development.1998 · DOI: 10.1093/emboj/17.1.170
`At2g27880`	参与 RNA 介导的转录后基因沉默 (PTGS)。	Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.02.034 The mechanism selecting the guide strand from small RNA duplexes is different among argonaute proteins.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn043

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0800200`	对于孢子发生过程中减数分裂前有丝分裂和减数分裂的进展至关重要。	A germ cell specific gene of the ARGONAUTE family is essential for the progression of premeiotic mitosis and meiosis during sporogenesis in rice.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053199
`Os02g0672200`	参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。	暂无已核实直接文献
`Os04g0566500`	参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0007143 female meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程

GO:0009955 adaxial/abaxial pattern specification 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48410

ath:AT2G27880

dosa:Os02g0672200

dosa:Os03g0800200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.766

排名 1 · LXL04_032978 · OH-1004

细胞核0.279

排名 2 · LXL04_032978 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 3 · LXL04_032978 · OH-1004

线粒体0.055

排名 4 · LXL04_032978 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_032978 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16486.12ArgoN105-234 aa

PF08699.16ArgoL1246-294 aa

PF02170.29PAZ304-424 aa

PF16488.11ArgoL2434-481 aa

PF16487.11ArgoMid492-568 aa

PF02171.24Piwi587-905 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032978	`PF16486.12`	ArgoN	105	234	1.5e-31	110.4
LXL04_032978	`PF08699.16`	ArgoL1	246	294	1.6e-17	63.6
LXL04_032978	`PF02170.29`	PAZ	304	424	4.9e-25	88.6
LXL04_032978	`PF16488.11`	ArgoL2	434	481	1.1e-13	51.9
LXL04_032978	`PF16487.11`	ArgoMid	492	568	5.6e-10	40.1
LXL04_032978	`PF02171.24`	Piwi	587	905	5.7e-111	371.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04379`	拟南芥	Protein argonaute 1	57.883%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJK3`	拟南芥	Protein argonaute 5	55.346%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q851R2`	水稻	Protein argonaute MEL1	59.361%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6EU14`	水稻	Protein argonaute 1A	55.403%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XSA2`	水稻	Protein argonaute 1B	55.861%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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