LXL04_032962 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032962

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 32356165-32358027 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

874 bp · LXL04_032962|LXL04_032962|OH1004|cDNA

ATGGCTACACTTCCCTTTGGAGATGACAAACGCCCGATTACAACGGTTCTCATTTTTGCTGCCATGGATTCAGAAGCGCTTCCGATTGTCGAACACTTTAAACTTTCACGGGATGATGGTTCTTTGTTTCCATTAAGTGTCCCTTGGATCAGATATCATGGTAGCTACAAGGATCTTAATATAAATGTCATTTATCCAGGGAAGGACCCCGAATTTGGTATCAATAGTGTAGGTACAGTTCCTGCATCTCTTGTGACTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

765 bp · LXL04_032962|LXL04_032962|OH1004|CDS

ATGGCTACACTTCCCTTTGGAGATGACAAACGCCCGATTACAACGGTTCTCATTTTTGCTGCCATGGATTCAGAAGCGCTTCCGATTGTCGAACACTTTAAACTTTCACGGGATGATGGTTCTTTGTTTCCATTAAGTGTCCCTTGGATCAGATATCATGGTAGCTACAAGGATCTTAATATAAATGTCATTTATCCAGGGAAGGACCCCGAATTTGGTATCAATAGTGTAGGTACAGTTCCTGCATCTCTTGTGACTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

254 aa · LXL04_032962|LXL04_032962|OH1004|PROTEIN

MATLPFGDDKRPITTVLIFAAMDSEALPIVEHFKLSRDDGSLFPLSVPWIRYHGSYKDLNINVIYPGKDPEFGINSVGTVPASLVTYASIQALKPDLVINAGTAGAFKVKGACIFDVYLVSDLAFHDRRIPIPGPDRYGVGLRKSFPTPNLVRELSLKVCKLSTGDSLDMCPQDETCILANDATIVDMEGAALAYVCSLMKVPVIFIKGVSNFVDGEKSIPEEFKENLQTTVVAIRKVVAQVVEFINGKCLSEL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032962`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032962

位置 Chr07:32356165-32358027 (-)

描述 Similar to MTN2: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34840`	蛋氨酸循环酶，在较小程度上催化 5'-甲硫腺苷和 S-腺苷高半胱氨酸中的糖苷键分别不可逆裂解为腺嘌呤和相应的硫核糖、5'-甲基硫核糖和 S-核糖基高半胱氨酸。	The role of methionine recycling for ethylene synthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02942.x Molecular determinants of substrate specificity in plant 5'-methylthioadenosine nucleosidases.2008 · DOI: 10.1016/j.jmb.2008.01.088 Biochemical and structural characterization of 5'-methylthioadenosine nucleosidases from Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2009.02.106 Inhibition of 5'-methylthioadenosine metabolism in the Yang cycle alters polyamine levels, and impairs seedling growth and reproduction in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04211.x Mechanism of substrate specificity in 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidases.2011 · DOI: 10.1016/j.jsb.2010.06.006
`At4g38800`	蛋氨酸循环中的酶，催化5'-甲硫腺苷(MTA)不可逆裂解成腺嘌呤和5'-甲硫核糖。	The role of methionine recycling for ethylene synthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02942.x Molecular determinants of substrate specificity in plant 5'-methylthioadenosine nucleosidases.2008 · DOI: 10.1016/j.jmb.2008.01.088 Biochemical and structural characterization of 5'-methylthioadenosine nucleosidases from Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2009.02.106 Inhibition of 5'-methylthioadenosine metabolism in the Yang cycle alters polyamine levels, and impairs seedling growth and reproduction in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04211.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032962 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009116 nucleoside metabolic process 生物过程

GO:0009164 nucleoside catabolic process 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0019284 L-methionine salvage from S-adenosylmethionine 生物过程

GO:0019509 L-methionine salvage from methylthioadenosine 生物过程

GO:0046124 purine deoxyribonucleoside catabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008782 adenosylhomocysteine nucleosidase activity 分子功能

GO:0008930 methylthioadenosine nucleosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34840

ath:AT4G38800

bas:BUsg_204

hip:CGSHiEE_05950

ppr:PBPRA0538

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.700

排名 1 · LXL04_032962 · OH-1004

细胞核0.322

排名 2 · LXL04_032962 · OH-1004

线粒体0.074

排名 3 · LXL04_032962 · OH-1004

过氧化物酶体0.061

排名 4 · LXL04_032962 · OH-1004

内质网0.061

排名 5 · LXL04_032962 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01048.27PNP_UDP_116-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032962	`PF01048.27`	PNP_UDP_1	16	243	7.4e-25	88.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7XA67`	拟南芥	5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase	58.943%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T0I8`	拟南芥	5'-methylthioadenosine nucleosidase	60.246%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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