LXL04_032915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31573353-31574509 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

843 bp · LXL04_032915|LXL04_032915|OH1004|cDNA

ATGGACATCTTCAAGTCACTTTCTCTACTTAACTTTAAGGTCACAAAGAGTCCCAATTGGAGCACCATTCCACACTTTCACAAACCCTCTTTGGCTCTTTCAACCTACAAAAAATCATCACCTTTTTGCACCAACAAAATGAAATTTCTTGATCTATGCTTGATTTTAGCCACCATCACCTCAACCTCTATTCCCACCACCACCGCATGGACCAATGCCCATGCCACCTTTTACGGAGGTCACGACGCCTCCGGTACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · LXL04_032915|LXL04_032915|OH1004|CDS

ATGGACATCTTCAAGTCACTTTCTCTACTTAACTTTAAGGTCACAAAGAGTCCCAATTGGAGCACCATTCCACACTTTCACAAACCCTCTTTGGCTCTTTCAACCTACAAAAAATCATCACCTTTTTGCACCAACAAAATGAAATTTCTTGATCTATGCTTGATTTTAGCCACCATCACCTCAACCTCTATTCCCACCACCACCGCATGGACCAATGCCCATGCCACCTTTTACGGAGGTCACGACGCCTCCGGTACAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · LXL04_032915|LXL04_032915|OH1004|PROTEIN

MDIFKSLSLLNFKVTKSPNWSTIPHFHKPSLALSTYKKSSPFCTNKMKFLDLCLILATITSTSIPTTTAWTNAHATFYGGHDASGTMGGACGYGNLYSQGYGTTTAAVSTALFKNGLACGACFEIKCFNDQKWCLPGSIIVTATNFCPSNSNAHFDLAQPIFKHIAQEKAGMIPVQYRRAPCRKSGGMRFTINGHSFFNLVLVTNVGGAGDVIRVSVKGSKGATWQAMSRNWGQNWQSNGYLNGQSLSFKVTTSDGRSVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032915`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032915

位置 Chr07:31573353-31574509 (-)

描述 Similar to EXPA15: Expansin-A15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g03090`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献
`At1g26770`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献
`At1g69530`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献
`At5g56320`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	LBD18 acts as a transcriptional activator that directly binds to the EXPANSIN14 promoter in promoting lateral root emergence of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12013
`At2g40610`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006949 syncytium formation 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0009831 plant-type cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26770

ath:AT1G69530

ath:AT2G03090

ath:AT2G40610

ath:AT5G56320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.601

排名 1 · LXL04_032915 · OH-1004

细胞质0.108

排名 2 · LXL04_032915 · OH-1004

溶酶体／液泡0.093

排名 3 · LXL04_032915 · OH-1004

内质网0.085

排名 4 · LXL04_032915 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 5 · LXL04_032915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29515.1Expansin_N50-168 aa

PF22514.3EXPB1_D174-153 aa

PF03330.25DPBB_1105-177 aa

PF01357.28Expansin_C188-266 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032915	`PF29515.1`	Expansin_N	50	168	8.6e-11	42.8
LXL04_032915	`PF22514.3`	EXPB1_D1	74	153	6.5e-07	30.5
LXL04_032915	`PF03330.25`	DPBB_1	105	177	9.4e-23	81.0
LXL04_032915	`PF01357.28`	Expansin_C	188	266	6.1e-30	103.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80622`	拟南芥	Expansin-A15	67.871%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LDR9`	拟南芥	Expansin-A10	67.078%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C554`	拟南芥	Expansin-A1	65.992%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMA0`	拟南芥	Expansin-A14	66.122%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22874`	拟南芥	Expansin-A8	63.158%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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