LXL04_032854 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032854

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 30565640-30566978 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

813 bp · LXL04_032854|LXL04_032854|OH1004|cDNA

ATGACACCTCCTGCAAGAAGGTTGGAAGGAAAGGTAGCATTGATAACCGGAGCAGCACGTGGTATTGGCGAGTGTTGTGCAAAGCTCTTTGCCGAACATGGAGCAAAAGTCGTCGTTGCAGACGTCGAAGACCAACTTGGTCAAGCGGTTTGTGAGTCAATAGGATCATCAAACTCAATATACGTACACTGCGATATCAGTAACGAAGATGATGTCAAAAACGCTATAGACACTGCAGTCGCTACTTACGGGAAACTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

813 bp · LXL04_032854|LXL04_032854|OH1004|CDS

ATGACACCTCCTGCAAGAAGGTTGGAAGGAAAGGTAGCATTGATAACCGGAGCAGCACGTGGTATTGGCGAGTGTTGTGCAAAGCTCTTTGCCGAACATGGAGCAAAAGTCGTCGTTGCAGACGTCGAAGACCAACTTGGTCAAGCGGTTTGTGAGTCAATAGGATCATCAAACTCAATATACGTACACTGCGATATCAGTAACGAAGATGATGTCAAAAACGCTATAGACACTGCAGTCGCTACTTACGGGAAACTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

270 aa · LXL04_032854|LXL04_032854|OH1004|PROTEIN

MTPPARRLEGKVALITGAARGIGECCAKLFAEHGAKVVVADVEDQLGQAVCESIGSSNSIYVHCDISNEDDVKNAIDTAVATYGKLDIMFNNAGVADVSKPRIMDIEKKDVERVLGINVIGTFLCMKHAARVMVPQKSGSIISTSSLTSHLGGMATHAYSCSKHAIVGLTRNLAVELGQFGIRVNCVSPFGIATSMTADFIGLEREVFENVINSVANLKGVTHKPDDVAYAALYLASDEAKYVSGQNMLVDGGLSYANDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032854`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032854

位置 Chr07:30565640-30566978 (-)

描述 Similar to Secoisolariciresinol dehydrogenase (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0179200`	参与稻壳酮（momilactone）类植物抗毒素的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0004022 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0102960 momilactone-A synthase [NAD(P)H] activity 分子功能

GO:0120529 secoisolariciresinol dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os04g0179200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.602

排名 1 · LXL04_032854 · OH-1004

过氧化物酶体0.224

排名 2 · LXL04_032854 · OH-1004

细胞核0.200

排名 3 · LXL04_032854 · OH-1004

线粒体0.103

排名 4 · LXL04_032854 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 5 · LXL04_032854 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short11-199 aa

PF23441.1SDR12-254 aa

PF08659.17KR13-169 aa

PF13561.13adh_short_C217-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032854	`PF00106.32`	adh_short	11	199	3.1e-53	180.9
LXL04_032854	`PF23441.1`	SDR	12	254	6.8e-06	26.4
LXL04_032854	`PF08659.17`	KR	13	169	1.1e-09	39.1
LXL04_032854	`PF13561.13`	adh_short_C2	17	255	2.8e-67	227.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7FAE1`	水稻	Momilactone A synthase	56.489%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情