LXL04_032771 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032771

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 29118003-29121431 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

957 bp · LXL04_032771|LXL04_032771|OH1004|cDNA

ATGACGATGTACTCCGACAACTCTTCTTCGATCGTTCGTCTCAATATAGGGGGGAAGAAATTCTGCACAACTGCTGATACTCTAACTCAGCGTGAGCCGTATTCAATGCTTGCTGCAATGTTCAGTGGTCGCCATACTGTTTGCAAGGACTCTGAAAAGGGATATGTATTTGTTGATAGAGACGGGAAACACTTTAGACATGTTTTAAATTGGCTGAGAGATGGTGTAGTTCCTAATTTGTCAGATTTAGAATGCTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · LXL04_032771|LXL04_032771|OH1004|CDS

ATGACGATGTACTCCGACAACTCTTCTTCGATCGTTCGTCTCAATATAGGGGGGAAGAAATTCTGCACAACTGCTGATACTCTAACTCAGCGTGAGCCGTATTCAATGCTTGCTGCAATGTTCAGTGGTCGCCATACTGTTTGCAAGGACTCTGAAAAGGGATATGTATTTGTTGATAGAGACGGGAAACACTTTAGACATGTTTTAAATTGGCTGAGAGATGGTGTAGTTCCTAATTTGTCAGATTTAGAATGCTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · LXL04_032771|LXL04_032771|OH1004|PROTEIN

MTMYSDNSSSIVRLNIGGKKFCTTADTLTQREPYSMLAAMFSGRHTVCKDSEKGYVFVDRDGKHFRHVLNWLRDGVVPNLSDLECSELLREAEYYQLLGLVDGITEVLNKRKEDEEMDTELTRTDIIKCIQSEKVRLRGVNLSGLDLSKLDLSFVDFSYACLKNVFFSRANLQCAKFRDVDAENTIFHNATLRECEFTGANLRGALLAGANLQSANLQGKKNLFIYIYYLIFLSDACLVDCSFCGADLRSAHLQTADLTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032771`
TK1151 ID	TkA08G203620
OH-1004 ID	LXL04_032771
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 66.556 / OH-1004 63.208 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032771

位置 Chr07:29118003-29121431 (+)

描述 Similar to FIP2: FH protein interacting protein FIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55000`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002347 response to tumor cell 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035024 negative regulation of Rho protein signal transduction 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0048469 cell maturation 生物过程

GO:0051260 protein homooligomerization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G55000

hsa:54793

hsa:83892

mmu:105440

rno:494521

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.638

排名 1 · LXL04_032771 · OH-1004

细胞质0.358

排名 2 · LXL04_032771 · OH-1004

线粒体0.068

排名 3 · LXL04_032771 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 4 · LXL04_032771 · OH-1004

内质网0.021

排名 5 · LXL04_032771 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02214.29BTB_212-100 aa

PF13599.14Pentapeptide_4134-205 aa

PF00805.29Pentapeptide135-168 aa

PF00805.29Pentapeptide151-189 aa

PF00805.29Pentapeptide186-219 aa

PF13599.14Pentapeptide_4231-288 aa

PF00805.29Pentapeptide233-265 aa

PF00805.29Pentapeptide256-289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032771	`PF02214.29`	BTB_2	12	100	9.8e-20	71.4
LXL04_032771	`PF13599.14`	Pentapeptide_4	134	205	3.5e-21	75.8
LXL04_032771	`PF00805.29`	Pentapeptide	135	168	5.4e-41	138.4
LXL04_032771	`PF00805.29`	Pentapeptide	151	189	5.4e-41	138.4
LXL04_032771	`PF00805.29`	Pentapeptide	186	219	5.4e-41	138.4
LXL04_032771	`PF13599.14`	Pentapeptide_4	231	288	3.5e-21	75.8
LXL04_032771	`PF00805.29`	Pentapeptide	233	265	5.4e-41	138.4
LXL04_032771	`PF00805.29`	Pentapeptide	256	289	5.4e-41	138.4
LXL04_032771	`PF00805.29`	Pentapeptide	286	316	5.4e-41	138.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SE95`	拟南芥	FH protein interacting protein FIP2	76.752%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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