LXL04_032730 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032730

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 28586116-28589778 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1371 bp · LXL04_032730|LXL04_032730|OH1004|cDNA

ATGATGAACAACATGAAGCAATTACACAAACATCAACGAAGAGATGAAGAAATGCAGCCCAACAATCAAACCCCACCATACTCACCCAGATCGCTTAGACACCCATCATCTTCAAGATCTCTCCATAGATCCATAAATTACATATTCAGAGAACAACGATTTCTCTTCATCATCATAGGAATCGTGATCGGTTCCACCTTCTTCATCTTCCAACCGTCGTTATCcaccacaaccaccaccaccaccacaaaTACTATTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1371 bp · LXL04_032730|LXL04_032730|OH1004|CDS

ATGATGAACAACATGAAGCAATTACACAAACATCAACGAAGAGATGAAGAAATGCAGCCCAACAATCAAACCCCACCATACTCACCCAGATCGCTTAGACACCCATCATCTTCAAGATCTCTCCATAGATCCATAAATTACATATTCAGAGAACAACGATTTCTCTTCATCATCATAGGAATCGTGATCGGTTCCACCTTCTTCATCTTCCAACCGTCGTTATCCACCACAACCACCACCACCACCACAAATACTATTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

456 aa · LXL04_032730|LXL04_032730|OH1004|PROTEIN

MMNNMKQLHKHQRRDEEMQPNNQTPPYSPRSLRHPSSSRSLHRSINYIFREQRFLFIIIGIVIGSTFFIFQPSLSTTTTTTTTNTIKSREFPSIPTPISIPQRENTALPRRAVNHGAAERVPVSISQRRRRTVVTGGAGFVGSHLVDRLVARGDEVIVVDNFFTGRKENVLHHMENPRFELIRRDVVQPILLEVDQIYHLACPASPVYYNLKYLNCLLNLYDYKTNVMGTLNMLGLAKRIKARFLITSTSEVYGDPLEHP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032730`
TK1151 ID	TkA08G201720
OH-1004 ID	LXL04_032730
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032730

位置 Chr07:28586116-28589778 (+)

描述 Similar to UXS1: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53520`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献
`At3g62830`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	Biosynthesis of UDP-xylose: characterization of membrane-bound AtUxs2.2005 · DOI: 10.1007/s00425-004-1471-7
`At2g47650`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献
`At2g28760`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献
`At3g46440`	催化 UDP-葡萄糖醛酸向 UDP-木糖的 NAD 依赖性脱羧。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032730 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019305 dTDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程

GO:0033320 UDP-D-xylose biosynthetic process 生物过程

GO:0042732 D-xylose metabolic process 生物过程

GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28760

ath:AT2G47650

ath:AT3G46440

ath:AT3G53520

ath:AT3G62830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.416

排名 1 · LXL04_032730 · OH-1004

内质网0.255

排名 2 · LXL04_032730 · OH-1004

溶酶体／液泡0.103

排名 3 · LXL04_032730 · OH-1004

细胞质0.081

排名 4 · LXL04_032730 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 5 · LXL04_032730 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321.24RmlD_sub_bind131-397 aa

PF01370.28Epimerase133-375 aa

PF01073.263Beta_HSD133-357 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd134-438 aa

PF07993.19NAD_binding_4187-309 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032730	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	131	397	3e-06	27.2
LXL04_032730	`PF01370.28`	Epimerase	133	375	1.2e-42	146.7
LXL04_032730	`PF01073.26`	3Beta_HSD	133	357	2.5e-10	40.6
LXL04_032730	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	134	438	2.6e-51	175.8
LXL04_032730	`PF07993.19`	NAD_binding_4	187	309	1.8e-09	37.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZC0`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 1	71.397%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZI2`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 2	63.470%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S8T4`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 4	63.182%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZV36`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 6	65.732%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SN95`	拟南芥	UDP-glucuronic acid decarboxylase 5	65.217%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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