LXL04_032628 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032628

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 26486169-26489640 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1962 bp · LXL04_032628|LXL04_032628|OH1004|cDNA

ATGAGAATTGCCGATTTTAACAATGCAAATTACCTTGAAGCAACCatcAAGGATTGCAGGGTCGAGATGGCATGTAAAGTGTTCGATAGAATGCTTGAAAGAAACGTTGTTTCTTGGACGTCTCTCATGTGTGGGTACCTAAATTCAGGCAACGCCAATACCTCCTTATCACTCTTATGTCAAATGGGTGGAAGTTCGATAGTCAAGCCAAATGAGTTCACTTTTTCCACCAACTTTAAAGCTTGTGGATTCATTCGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1962 bp · LXL04_032628|LXL04_032628|OH1004|CDS

ATGAGAATTGCCGATTTTAACAATGCAAATTACCTTGAAGCAACCATCAAGGATTGCAGGGTCGAGATGGCATGTAAAGTGTTCGATAGAATGCTTGAAAGAAACGTTGTTTCTTGGACGTCTCTCATGTGTGGGTACCTAAATTCAGGCAACGCCAATACCTCCTTATCACTCTTATGTCAAATGGGTGGAAGTTCGATAGTCAAGCCAAATGAGTTCACTTTTTCCACCAACTTTAAAGCTTGTGGATTCATTCGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

653 aa · LXL04_032628|LXL04_032628|OH1004|PROTEIN

MRIADFNNANYLEATIKDCRVEMACKVFDRMLERNVVSWTSLMCGYLNSGNANTSLSLLCQMGGSSIVKPNEFTFSTNFKACGFIRVPENGMQIHGWCCKTGFEWFPVVGNSMIDMYSKCGRIDAASKVFDKVPERSLITWNAMIAGYAVGHNGDKSLDLFKKMQIQGKLPDEFTFTSTLKACAGLGDINSGRQIHGYLISTGFLLSQQTIVSGSLIDLYAKCGYLQDAQKIFDQVERKSVISWTTLVVGYAQGGNLSKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032628`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032628

位置 Chr07:26486169-26489640 (-)

描述 Similar to PCMP-H86: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15130`	推定含五聚重复序列蛋白 At3g15130。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At4g30700`	含五重复肽序列的蛋白At4g30700。	暂无已核实直接文献
`At3g02010`	推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G15130

ath:AT4G13650

ath:AT4G18750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.699

排名 1 · LXL04_032628 · OH-1004

质体0.167

排名 2 · LXL04_032628 · OH-1004

细胞核0.053

排名 3 · LXL04_032628 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_032628 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_032628 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_234-82 aa

PF01535.27PPR111-136 aa

PF13041.13PPR_2138-184 aa

PF01535.27PPR139-165 aa

PF13041.13PPR_2313-342 aa

PF01535.27PPR315-342 aa

PF13812.13PPR_3339-387 aa

PF13041.13PPR_2340-388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032628	`PF13041.13`	PPR_2	34	82	1.1e-58	195.9
LXL04_032628	`PF01535.27`	PPR	111	136	1.5e-55	182.4
LXL04_032628	`PF13041.13`	PPR_2	138	184	1.1e-58	195.9
LXL04_032628	`PF01535.27`	PPR	139	165	1.5e-55	182.4
LXL04_032628	`PF13041.13`	PPR_2	313	342	1.1e-58	195.9
LXL04_032628	`PF01535.27`	PPR	315	342	1.5e-55	182.4
LXL04_032628	`PF13812.13`	PPR_3	339	387	2.3e-19	70.0
LXL04_032628	`PF13041.13`	PPR_2	340	388	1.1e-58	195.9
LXL04_032628	`PF12854.14`	PPR_1	340	369	1.3e-30	105.6
LXL04_032628	`PF01535.27`	PPR	343	373	1.5e-55	182.4
LXL04_032628	`PF29070.1`	MSC6_N	351	438	7.4e-10	39.2
LXL04_032628	`PF20431.5`	E_motif	458	520	1.5e-16	61.1
LXL04_032628	`PF14432.13`	DYW_deaminase	558	653	6.9e-31	106.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C898`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15130	56.240%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SN39`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	37.715%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	38.073%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUH6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700	37.519%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7F4`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510	36.991%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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