LXL04_032566 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032566

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 25620625-25622259 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1002 bp · LXL04_032566|LXL04_032566|OH1004|cDNA

ATGGCGGAGCACTTGGCCTCCATATTTGGTACGGAAAAGGACCGAGTCAACTGTCCTTTCTACTTCAAGATCGGAGCTTGTCGCCATGGAGATCGATGTTCTAGGCTCCACACCAAACCCAGCATCAGCCCTACCCTGTTGCTCTCCAACATGTATCAGCGTCCCGATATGATCACTCCAGGTGTTGATCCTCAAGGCCAGCCCCTTGATCCTAGCAAAATCCAGGATCACTTCGAGGATTTCTACGAAGATCTGTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1002 bp · LXL04_032566|LXL04_032566|OH1004|CDS

ATGGCGGAGCACTTGGCCTCCATATTTGGTACGGAAAAGGACCGAGTCAACTGTCCTTTCTACTTCAAGATCGGAGCTTGTCGCCATGGAGATCGATGTTCTAGGCTCCACACCAAACCCAGCATCAGCCCTACCCTGTTGCTCTCCAACATGTATCAGCGTCCCGATATGATCACTCCAGGTGTTGATCCTCAAGGCCAGCCCCTTGATCCTAGCAAAATCCAGGATCACTTCGAGGATTTCTACGAAGATCTGTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

333 aa · LXL04_032566|LXL04_032566|OH1004|PROTEIN

MAEHLASIFGTEKDRVNCPFYFKIGACRHGDRCSRLHTKPSISPTLLLSNMYQRPDMITPGVDPQGQPLDPSKIQDHFEDFYEDLFEELGKYGEIESLNICDNLADHMVGNVYAQFREEEHAAAALQNLSGRFYAGRPIIVDFSPVTDFREATCRQYEENVCNRGGYCNFMHLKKINKDLRRQLFGRRRRSRSRSRSPPRHRNHDDRPQGGGGGGGGGRGYGRRGSGGYSDHRSSDRGRRPRSRSPGRRGGGGGRSRSPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032566`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032566

位置 Chr07:25620625-25622259 (-)

描述 Similar to U2AF35A: Splicing factor U2af small subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42820`	对前mRNA的剪接是必需的（按相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g27650`	对前mRNA的剪接是必需的（按相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0491756`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献
`Os05g0564200`	前体 mRNA 剪接所必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032566 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0089701 U2AF complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0030628 pre-mRNA 3'-splice site binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27650

ath:AT5G42820

dosa:Os05g0564200

dosa:Os09g0491756

rno:361542

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.888

排名 1 · LXL04_032566 · OH-1004

细胞质0.268

排名 2 · LXL04_032566 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_032566 · OH-1004

线粒体0.016

排名 4 · LXL04_032566 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_032566 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642.31zf-CCCH14-37 aa

PF00076.29RRM_183-139 aa

PF29326.1RRM_MUD2_C106-150 aa

PF00642.31zf-CCCH150-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032566	`PF00642.31`	zf-CCCH	14	37	2.8e-12	46.9
LXL04_032566	`PF00076.29`	RRM_1	83	139	7.7e-06	26.4
LXL04_032566	`PF29326.1`	RRM_MUD2_C	106	150	2.2e-06	28.4
LXL04_032566	`PF00642.31`	zf-CCCH	150	173	2.8e-12	46.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMY5`	拟南芥	Splicing factor U2af small subunit B	68.966%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S709`	拟南芥	Splicing factor U2af small subunit A	65.789%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZQW8`	水稻	Splicing factor U2af small subunit A	66.102%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6AUG0`	水稻	Splicing factor U2af small subunit B	78.919%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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