LXL04_032533 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032533

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 24822963-24831066 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1365 bp · LXL04_032533|LXL04_032533|OH1004|cDNA

ATGAGGTCGAGCAACCATCTGATTGGTATGTTAAACTTCCTGACGTTCCTCCTATCGATTCCGATTCTCGGTGGCGGAATATGGCTGAGCACGCGAGCCAACAACACCGATTGCATGAGCTTCCTCCAGTGGCCGTTGATAGTCATCGGCGTCGCAATCATGGTAGTCTCACTCGCTGGATTCGCCGGCGCGTGTTACCGGAACACTTTCGTAATGTACCTTTACCTGTGGGCGATGTTCTTCATCATCGCTCTGCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1365 bp · LXL04_032533|LXL04_032533|OH1004|CDS

ATGAGGTCGAGCAACCATCTGATTGGTATGTTAAACTTCCTGACGTTCCTCCTATCGATTCCGATTCTCGGTGGCGGAATATGGCTGAGCACGCGAGCCAACAACACCGATTGCATGAGCTTCCTCCAGTGGCCGTTGATAGTCATCGGCGTCGCAATCATGGTAGTCTCACTCGCTGGATTCGCCGGCGCGTGTTACCGGAACACTTTCGTAATGTACCTTTACCTGTGGGCGATGTTCTTCATCATCGCTCTGCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

454 aa · LXL04_032533|LXL04_032533|OH1004|PROTEIN

MRSSNHLIGMLNFLTFLLSIPILGGGIWLSTRANNTDCMSFLQWPLIVIGVAIMVVSLAGFAGACYRNTFVMYLYLWAMFFIIALLIGFVIFAYVVTDKGSGRPVMNRAYDDYYLPDYSGWLKDRVASDSYWRKISSCIRDSKACGKTGRVVGGFPESADMYYQRKLNPIESGCCKPPTECGYVYVNETTWNTINSALAINNRDCNRWSNDQDQLCYSCNSCKAGVLASLRKSWRKVSIINIVVLIILVIAYVVACAAFR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032533`
TK1151 ID	TkA08G185140
OH-1004 ID	LXL04_032533
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032533

位置 Chr07:24822963-24831066 (-)

描述 Similar to TET3: Tetraspanin-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45600`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献
`At5g60220`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献
`At3g52300`	线粒体膜ATP合酶(F(1)F(0) ATP合酶或复合物V)在膜两侧存在质子梯度的情况下将ADP合成ATP，该质子梯度由呼吸链的电子传递复合物产生。	暂无已核实直接文献
`At2g23810`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献
`At4g30430`	可能参与细胞分化的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0099039 sphingolipid translocation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23810

ath:AT3G45600

ath:AT3G52300

ath:AT4G30430

ath:AT5G60220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.687

排名 1 · LXL04_032533 · OH-1004

细胞质0.110

排名 2 · LXL04_032533 · OH-1004

内质网0.107

排名 3 · LXL04_032533 · OH-1004

溶酶体／液泡0.104

排名 4 · LXL04_032533 · OH-1004

高尔基体0.049

排名 5 · LXL04_032533 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00335.27Tetraspanin5-258 aa

PF05873.18Mt_ATP-synt_D301-452 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032533	`PF00335.27`	Tetraspanin	5	258	4.1e-37	128.7
LXL04_032533	`PF05873.18`	Mt_ATP-synt_D	301	452	1.4e-17	64.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1E7`	拟南芥	Tetraspanin-3	73.050%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSS4`	拟南芥	Tetraspanin-4	69.065%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FT52`	拟南芥	ATP synthase subunit d, mitochondrial	85.119%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S8Q6`	拟南芥	Tetraspanin-8	46.886%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0B7`	拟南芥	Tetraspanin-9	43.066%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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