LXL04_032527 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032527

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 24759988-24762458 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1686 bp · LXL04_032527|LXL04_032527|OH1004|cDNA

ATGGCCGCGTCACTCCCTCACACTCTCCCCATTCCTCGCCGCCGTCATTCTTCCGTTTCACATATCAACAAGCAGTTCCTTAACATATACCGCTTTGACCCCAACTTCAATGGTCAAAGACGAGCAAAGGTGGTCTGTCAAGGCATGTTGGCCCCCCGAAAGTTTATGCAAAGAAGgaaaaagatagaagttttcGAGGATGATGCTGATGAAGAAGATCAAAAGAGCTGGAGGAAGATGATGAATGAAATCGATGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1686 bp · LXL04_032527|LXL04_032527|OH1004|CDS

ATGGCCGCGTCACTCCCTCACACTCTCCCCATTCCTCGCCGCCGTCATTCTTCCGTTTCACATATCAACAAGCAGTTCCTTAACATATACCGCTTTGACCCCAACTTCAATGGTCAAAGACGAGCAAAGGTGGTCTGTCAAGGCATGTTGGCCCCCCGAAAGTTTATGCAAAGAAGGAAAAAGATAGAAGTTTTCGAGGATGATGCTGATGAAGAAGATCAAAAGAGCTGGAGGAAGATGATGAATGAAATCGATGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

561 aa · LXL04_032527|LXL04_032527|OH1004|PROTEIN

MAASLPHTLPIPRRRHSSVSHINKQFLNIYRFDPNFNGQRRAKVVCQGMLAPRKFMQRRKKIEVFEDDADEEDQKSWRKMMNEIDEVGSAVSVLRTRRTKNQPLPKDLVLGTLVRFKQQKKWNIVAEILEWLRTQHWWNFNEMDALMLITAYGKEGDFNKAERVFSYINKKGYPPSVISHTALMEAYGKGGQCNKAEAIFRRMQSSGPEPSAVTYQIILKIFVQADKFKEAEETFEAILTDEVSTLEPDQQMFHMMIYMY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032527`
TK1151 ID	TkA08G184880
OH-1004 ID	LXL04_032527
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032527

位置 Chr07:24759988-24762458 (+)

描述 Similar to At3g59040: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g59040

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59040`	含五肽重复序列的蛋白 At3g59040。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At5g61990`	含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032527 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G59040

ath:AT5G02860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.773

排名 1 · LXL04_032527 · OH-1004

线粒体0.127

排名 2 · LXL04_032527 · OH-1004

细胞核0.060

排名 3 · LXL04_032527 · OH-1004

细胞质0.016

排名 4 · LXL04_032527 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_032527 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3147-189 aa

PF13041.13PPR_2148-188 aa

PF29070.1MSC6_N149-236 aa

PF23276.3TPR_24150-239 aa

PF13041.13PPR_2175-222 aa

PF13812.13PPR_3175-223 aa

PF01535.27PPR179-207 aa

PF17177.11PPR_long233-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032527	`PF13812.13`	PPR_3	147	189	7.8e-50	167.5
LXL04_032527	`PF13041.13`	PPR_2	148	188	8.9e-72	237.7
LXL04_032527	`PF29070.1`	MSC6_N	149	236	4.5e-28	99.1
LXL04_032527	`PF23276.3`	TPR_24	150	239	3.4e-25	89.2
LXL04_032527	`PF13041.13`	PPR_2	175	222	8.9e-72	237.7
LXL04_032527	`PF13812.13`	PPR_3	175	223	7.8e-50	167.5
LXL04_032527	`PF01535.27`	PPR	179	207	3.9e-54	177.9
LXL04_032527	`PF17177.11`	PPR_long	233	368	1.9e-25	90.2
LXL04_032527	`PF13041.13`	PPR_2	249	292	8.9e-72	237.7
LXL04_032527	`PF13041.13`	PPR_2	296	328	8.9e-72	237.7
LXL04_032527	`PF13812.13`	PPR_3	304	362	7.8e-50	167.5
LXL04_032527	`PF12854.14`	PPR_1	312	343	4.1e-47	158.3
LXL04_032527	`PF13041.13`	PPR_2	315	363	8.9e-72	237.7
LXL04_032527	`PF01535.27`	PPR	318	348	3.9e-54	177.9
LXL04_032527	`PF29070.1`	MSC6_N	332	410	4.5e-28	99.1
LXL04_032527	`PF23276.3`	TPR_24	347	447	3.4e-25	89.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYT2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g59040	69.940%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	25.126%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial	27.954%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	25.561%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	27.901%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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