LXL04_032495 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032495

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 24100536-24103402 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1779 bp · LXL04_032495|LXL04_032495|OH1004|cDNA

ATGGTGAACTCCATGGTGGGAAGGGCCACAAGCGACATGCTTATAGGTCCCGATTGGGCCATGAATATTGAGATCTGTGATATCTGCAACCATGATCCTGTGCAAGCTAAGGATGTCGTAAAAGGCATAAAAAAGCGTCTAGGAAGCAGGAATCCTAAAGTCCAACTTCTTGCGTTAACACTACTGGAAACAATCGTGAAGAACTGCGGTGATTTTGTTCATATGCATGTAGCCGAAAGAGATGTTCTTCACGACATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1779 bp · LXL04_032495|LXL04_032495|OH1004|CDS

ATGGTGAACTCCATGGTGGGAAGGGCCACAAGCGACATGCTTATAGGTCCCGATTGGGCCATGAATATTGAGATCTGTGATATCTGCAACCATGATCCTGTGCAAGCTAAGGATGTCGTAAAAGGCATAAAAAAGCGTCTAGGAAGCAGGAATCCTAAAGTCCAACTTCTTGCGTTAACACTACTGGAAACAATCGTGAAGAACTGCGGTGATTTTGTTCATATGCATGTAGCCGAAAGAGATGTTCTTCACGACATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

592 aa · LXL04_032495|LXL04_032495|OH1004|PROTEIN

MVNSMVGRATSDMLIGPDWAMNIEICDICNHDPVQAKDVVKGIKKRLGSRNPKVQLLALTLLETIVKNCGDFVHMHVAERDVLHDMVKIVKKKPDFHVKEKILVLIDTWQEAFGGARARYPQYYAAYHELLRLGAVFPQKSERATPVFTPPQTQPLSSFPHDTRNPENENEVAASSSEAELSLTEMQNARGIMDVLAEMLTALDPEKKEGLKQEVIVDLVEQCRAYKRRVVHLVNSTSDESLLCQGLALNDDLQRVLSKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032495`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032495

位置 Chr07:24100536-24103402 (+)

描述 Similar to TOL9: TOM1-like protein 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32760`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At3g08790`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At1g21380`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At1g76970`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At2g38410`	作为降解蛋白质向液泡排序的守门员。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032495 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005771 multivesicular body 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031901 early endosome membrane 细胞组分

GO:0035091 phosphatidylinositol binding 分子功能

GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21380

ath:AT1G76970

ath:AT2G38410

ath:AT3G08790

ath:AT4G32760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.624

排名 1 · LXL04_032495 · OH-1004

高尔基体0.330

排名 2 · LXL04_032495 · OH-1004

细胞核0.153

排名 3 · LXL04_032495 · OH-1004

细胞膜0.122

排名 4 · LXL04_032495 · OH-1004

内质网0.101

排名 5 · LXL04_032495 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00790.26VHS3-121 aa

PF12530.15DUF37303-76 aa

PF03127.20GAT193-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032495	`PF00790.26`	VHS	3	121	2.2e-31	109.3
LXL04_032495	`PF12530.15`	DUF3730	3	76	4.4e-06	27.1
LXL04_032495	`PF03127.20`	GAT	193	265	2.2e-19	70.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L860`	拟南芥	TOM1-like protein 9	50.794%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9Y1`	拟南芥	TOM1-like protein 8	47.059%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LPL6`	拟南芥	TOM1-like protein 3	59.774%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NQK0`	拟南芥	TOM1-like protein 4	56.929%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80910`	拟南芥	TOM1-like protein 6	43.631%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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