LXL04_032478 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032478

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 23894566-23898648 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1866 bp · LXL04_032478|LXL04_032478|OH1004|cDNA

ATGGATCGTCTTCTTTACCAGACTGTCCTAAAAGGCGACCACGTCACTTTCCTCAAACTCATTCAAGAAAACGAAACCCTAATCACACAGACCGTGGTTGGATCATCAAACACCGTCTTGCACTTAGCAGCTCGGTTAGGCCACCTGGAACTGGTGTCGGAGATATTGAAGGTCTGCCCAGATATGGTTGCGGCCGAGAACTGTGACCTAGAGACGCCGTTGCATGAAGCATGCAGAGAAGGAAAGTTTGAGGTGGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · LXL04_032478|LXL04_032478|OH1004|CDS

ATGGATCGTCTTCTTTACCAGACTGTCCTAAAAGGCGACCACGTCACTTTCCTCAAACTCATTCAAGAAAACGAAACCCTAATCACACAGACCGTGGTTGGATCATCAAACACCGTCTTGCACTTAGCAGCTCGGTTAGGCCACCTGGAACTGGTGTCGGAGATATTGAAGGTCTGCCCAGATATGGTTGCGGCCGAGAACTGTGACCTAGAGACGCCGTTGCATGAAGCATGCAGAGAAGGAAAGTTTGAGGTGGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · LXL04_032478|LXL04_032478|OH1004|PROTEIN

MDRLLYQTVLKGDHVTFLKLIQENETLITQTVVGSSNTVLHLAARLGHLELVSEILKVCPDMVAAENCDLETPLHEACREGKFEVVKVLMAADEGVVGKVNSRGESVLFAACERGKIDVVKHLIEFEWLLLHEIDAFMCSIHVAAAGGHTDIVKEILNVRPEFARKYNSEGYSALHLACIKGQLDTTRELLWWDPDLVYLRDHNGWTPLHWASMKGRVGIIGEIISINLESIELVTNHGETVLHLAVKYNQFEVLKHLKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032478`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032478

位置 Chr07:23894566-23898648 (+)

描述 Similar to At5g02620: Ankyrin repeat-containing protein At5g02620

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
`At5g54610`	参与植物防御。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT5G02620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.834

排名 1 · LXL04_032478 · OH-1004

内质网0.092

排名 2 · LXL04_032478 · OH-1004

细胞质0.086

排名 3 · LXL04_032478 · OH-1004

细胞核0.061

排名 4 · LXL04_032478 · OH-1004

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · LXL04_032478 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_29-91 aa

PF24521.3Ank_KRIT136-125 aa

PF12796.14Ank_2108-191 aa

PF13637.13Ank_4141-186 aa

PF12796.14Ank_2201-259 aa

PF12796.14Ank_2268-337 aa

PF13857.13Ank_5268-314 aa

PF00023.37Ank274-305 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032478	`PF12796.14`	Ank_2	9	91	2e-43	147.6
LXL04_032478	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	36	125	1.7e-08	35.0
LXL04_032478	`PF12796.14`	Ank_2	108	191	2e-43	147.6
LXL04_032478	`PF13637.13`	Ank_4	141	186	2.3e-30	104.7
LXL04_032478	`PF12796.14`	Ank_2	201	259	2e-43	147.6
LXL04_032478	`PF12796.14`	Ank_2	268	337	2e-43	147.6
LXL04_032478	`PF13857.13`	Ank_5	268	314	1.8e-28	99.0
LXL04_032478	`PF00023.37`	Ank	274	305	7e-41	136.6
LXL04_032478	`PF13962.12`	PGG	393	499	9.7e-30	103.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AWW5`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	30.444%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZU96`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	29.103%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C7A2`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein ITN1	28.729%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GYH5`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein BDA1	29.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2CIR5`	水稻	Ankyrin repeat-containing protein NPR4	30.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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