LXL04_032436 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032436

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 22918919-22924517 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · LXL04_032436|LXL04_032436|OH1004|cDNA

ATGGCTCACACGGCAATGGTGAATCCCAGCAACACATTCTGCACACAGTGGCCAACTTTGCTGGAAGCCATCACCACCCGAGCTGATGAAGCACCTCATCTCCGCCTCACGACCGTGATCTCCTCCAAATCGGGCGGCAGCGACGGAATAGAAAGGATCATGCGAGAAATAGGAAGTCGGATGGAAAAATTCGCGAGGCTAATGGGTGTCCCGTTTAAATTTAACGTAATACACCATACCGGCTATTTATCTGATCTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · LXL04_032436|LXL04_032436|OH1004|CDS

ATGGCTCACACGGCAATGGTGAATCCCAGCAACACATTCTGCACACAGTGGCCAACTTTGCTGGAAGCCATCACCACCCGAGCTGATGAAGCACCTCATCTCCGCCTCACGACCGTGATCTCCTCCAAATCGGGCGGCAGCGACGGAATAGAAAGGATCATGCGAGAAATAGGAAGTCGGATGGAAAAATTCGCGAGGCTAATGGGTGTCCCGTTTAAATTTAACGTAATACACCATACCGGCTATTTATCTGATCTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · LXL04_032436|LXL04_032436|OH1004|PROTEIN

MAHTAMVNPSNTFCTQWPTLLEAITTRADEAPHLRLTTVISSKSGGSDGIERIMREIGSRMEKFARLMGVPFKFNVIHHTGYLSDLNFSQLAIQSDEALTFNFNGTLRFVIIRSMNPKIVTIVEEEADLEVGIDGFEFLRGFQECLRWFRVYFEALDESFPKTSNERLMLEREAGRDVMDLVSCSSVNSVERRETADRWSSKLRASGFGGISYSKEGCDSYRSNCIFTRYKRKHSFSFERLNICPPAMEGALQVEELTSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032436`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032436

位置 Chr07:22918919-22924517 (-)

描述 Similar to SHR: Protein SHORT-ROOT

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37650`	转录因子，参与静止中心细胞的特化以及周围干细胞的维持，并参与根部径向模式形成过程中非对称细胞分裂。	Genetic evidence that the endodermis is essential for shoot gravitropism in Arabidopsis thaliana.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00137.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0586900`	转录因子，参与根部放射状模式形成的非对称细胞分裂所必需。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YN56`	转录因子，参与根部放射状模式形成的非对称细胞分裂所必需。	暂无已核实直接文献
`Os03g0433200`	推测的转录因子，参与不对称细胞分裂。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XIA8`	推测的转录因子，参与不对称细胞分裂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032436 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程

GO:0009956 radial pattern formation 生物过程

GO:0032350 regulation of hormone metabolic process 生物过程

GO:0045930 negative regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0055037 recycling endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G37650

dosa:Os03g0433200

dosa:Os07g0586900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.257

排名 1 · LXL04_032436 · OH-1004

细胞质0.254

排名 2 · LXL04_032436 · OH-1004

内质网0.180

排名 3 · LXL04_032436 · OH-1004

细胞膜0.140

排名 4 · LXL04_032436 · OH-1004

质体0.112

排名 5 · LXL04_032436 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03514.21GRAS13-221 aa

PF12146.16Hydrolase_4384-609 aa

PF12697.14Abhydrolase_6389-581 aa

PF00561.27Abhydrolase_1390-607 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032436	`PF03514.21`	GRAS	13	221	3.1e-45	155.4
LXL04_032436	`PF12146.16`	Hydrolase_4	384	609	4.9e-64	216.6
LXL04_032436	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	389	581	2.6e-13	51.8
LXL04_032436	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	390	607	3.5e-09	37.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZF7`	拟南芥	Protein SHORT-ROOT	54.839%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H2X8`	水稻	Protein SHORT-ROOT 1	45.977%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2YN56`	水稻	Protein SHORT-ROOT 1	45.977%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q75I13`	水稻	Protein SHORT-ROOT 2	46.245%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2XIA8`	水稻	Protein SHORT-ROOT 2	46.245%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情