LXL04_032421 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032421

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 22504488-22508385 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2559 bp · LXL04_032421|LXL04_032421|OH1004|cDNA

ATGGAACCTGCAGTCCCAGTACTTGTTGGTTCAGAGATCCATGGCTTCAAAACAATGGAAGATTTGGATGTGCCCAATATGATGGAGGAAGCAAAGACAAGATGGCTCCGCCCAAATGAGATTCATGCAGTACTTTATAACCACAAGCATTTCAGCATCAGTGTGAAGCCACTTAATTTACCTCCAAGTGGCACTATTGTTCTATTTGACCGAAAGATGCTCAGAAATTTCCGGAAAGATGGGCATAACtggaaaaagaa...

CDS

下载 CDS FASTA

2559 bp · LXL04_032421|LXL04_032421|OH1004|CDS

ATGGAACCTGCAGTCCCAGTACTTGTTGGTTCAGAGATCCATGGCTTCAAAACAATGGAAGATTTGGATGTGCCCAATATGATGGAGGAAGCAAAGACAAGATGGCTCCGCCCAAATGAGATTCATGCAGTACTTTATAACCACAAGCATTTCAGCATCAGTGTGAAGCCACTTAATTTACCTCCAAGTGGCACTATTGTTCTATTTGACCGAAAGATGCTCAGAAATTTCCGGAAAGATGGGCATAACTGGAAAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

852 aa · LXL04_032421|LXL04_032421|OH1004|PROTEIN

MEPAVPVLVGSEIHGFKTMEDLDVPNMMEEAKTRWLRPNEIHAVLYNHKHFSISVKPLNLPPSGTIVLFDRKMLRNFRKDGHNWKKKKDGKTVKEAHEHLKVGNNERIHVYYAHGEDRSTFVRRCYWLLDKKLEHIVLVHYRDTQELQGSPGLTVDSNSSSDPHTSSNLSEEIDGVDQVYFTEPNETVINHEMRLHEINTLEWDELVIPTGGNVAQFDQNTLNGSVDNVSRHNNNTQVANLGVDVLDTIRKDGLPTQESF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032421`
TK1151 ID	TkA08G173910
OH-1004 ID	LXL04_032421
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032421

位置 Chr07:22504488-22508385 (+)

描述 Similar to CAMTA5: Calmodulin-binding transcription activator 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16150`	转录激活因子。	Arabidopsis CAMTA family proteins enhance V-PPase expression in pollen.2003 · DOI: 10.1093/pcp/pcg137 Different Cold-Signaling Pathways Function in the Responses to Rapid and Gradual Decreases in Temperature.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00669
`At3g16940`	转录激活因子，可在体外钙依赖性结合钙调蛋白。	A novel family of calmodulin-binding transcription activators in multicellular organisms.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200268200
`At2g22300`	转录激活因子，可结合 DNA 共识序列 5'-[ACG]CGCG[GTC]-3'。	Calmodulin-binding transcription activator (CAMTA) 3 mediates biotic defense responses in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.febslet.2008.02.037 Ca(2+)/calmodulin regulates salicylic-acid-mediated plant immunity.2009 · DOI: 10.1038/nature07612 Roles for Arabidopsis CAMTA transcription factors in cold-regulated gene expression and freezing tolerance.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063958 Brush and spray: a high-throughput systemic acquired resistance assay suitable for large-scale genetic screening.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182089 The calmodulin-binding transcription factor SIGNAL RESPONSIVE1 is a novel regulator of glucosinolate metabolism and herbivory tolerance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs143 Roles of CAMTA transcription factors and salicylic acid in configuring the low-temperature transcriptome and freezing tolerance of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12205 A key general stress response motif is regulated non-uniformly by CAMTA transcription factors.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12620 Distinct roles for mitogen-activated protein kinase signaling and CALMODULIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR3 in regulating the peak time and amplitude of the plant general stress response.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.245944 Different Cold-Signaling Pathways Function in the Responses to Rapid and Gradual Decreases in Temperature.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00669 Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005
`At5g64220`	结合 DNA 共识序列 5'-[ACG]CGCG[GTC]-3' 的转录激活因子（通过相似性）。	Roles of CAMTA transcription factors and salicylic acid in configuring the low-temperature transcriptome and freezing tolerance of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12205

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0490200`	转录激活因子，可在体外钙依赖性结合钙调蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032421 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0106167 extracellular ATP signaling 生物过程

GO:1900367 positive regulation of defense response to insect 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22300

ath:AT3G16940

ath:AT4G15200

ath:AT4G15950

ath:AT4G16150

ath:AT4G17100

ath:AT4G35335

dosa:Os07g0490200

osa:4343265

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.526

排名 1 · LXL04_032421 · OH-1004

细胞核0.410

排名 2 · LXL04_032421 · OH-1004

细胞膜0.123

排名 3 · LXL04_032421 · OH-1004

线粒体0.050

排名 4 · LXL04_032421 · OH-1004

高尔基体0.048

排名 5 · LXL04_032421 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03859.22CG-130-143 aa

PF12796.14Ank_2524-596 aa

PF00023.37Ank535-565 aa

PF13637.13Ank_4539-593 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032421	`PF03859.22`	CG-1	30	143	1.1e-45	154.9
LXL04_032421	`PF12796.14`	Ank_2	524	596	4.4e-09	37.5
LXL04_032421	`PF00023.37`	Ank	535	565	3.1e-09	37.3
LXL04_032421	`PF13637.13`	Ank_4	539	593	5.4e-07	30.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23463`	拟南芥	Calmodulin-binding transcription activator 5	54.226%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSP8`	拟南芥	Calmodulin-binding transcription activator 6	55.104%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GSA7`	拟南芥	Calmodulin-binding transcription activator 3	34.036%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NPP4`	拟南芥	Calmodulin-binding transcription activator 2	33.455%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XHR2`	水稻	Calmodulin-binding transcription activator CBT	48.490%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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