LXL04_032104 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032104

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 16818659-16844872 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8280 bp · LXL04_032104|LXL04_032104|OH1004|cDNA

ATGATGACTTCTAACTTTACCATCAACAACATTTCATGGGTTGAGCGCGCACCACCCTTTCAAGTGTCATATGGGGAATTAAGGCTGGAGGGAGTGGCCTCGCCATCCCTCTTGCCGTTCCTCGCCAAGTCCTCGCCAAACCACACCCCCAGCTTCGCCTTCGCCTTCGCTGTTCCAGGCTTCGTCCTCTTCTCAGCGACTACTAGTAGTATACGGTTAGGGAGTTTAAGGGCAGGGAGTGGAAGATCGACGAGTTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

8280 bp · LXL04_032104|LXL04_032104|OH1004|CDS

ATGATGACTTCTAACTTTACCATCAACAACATTTCATGGGTTGAGCGCGCACCACCCTTTCAAGTGTCATATGGGGAATTAAGGCTGGAGGGAGTGGCCTCGCCATCCCTCTTGCCGTTCCTCGCCAAGTCCTCGCCAAACCACACCCCCAGCTTCGCCTTCGCCTTCGCTGTTCCAGGCTTCGTCCTCTTCTCAGCGACTACTAGTAGTATACGGTTAGGGAGTTTAAGGGCAGGGAGTGGAAGATCGACGAGTTTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2759 aa · LXL04_032104|LXL04_032104|OH1004|PROTEIN

MMTSNFTINNISWVERAPPFQVSYGELRLEGVASPSLLPFLAKSSPNHTPSFAFAFAVPGFVLFSATTSSIRLGSLRAGSGRSTSLRSGSTSVWRNSGMDVFSRSSREEDDEEALKWASLEKLPTFDRLRKGLLFGSRGPSNEVDVDDLGSDQRQHLLDRLVKVADEDNEKFLLKLRNRIDRVGIDLPTIEVKFEHLTVEADVNTGSRALPSFINFHIDIFEGFLSMFHLLPNSKKHITILDDVSGVVKPSRMTLLLGPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032104`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032104

位置 Chr07:16818659-16844872 (-)

描述 Similar to PDR1: Pleiotropic drug resistance protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15520`	可能参与脱落酸的跨膜输入及相关信号转导。	PDR-type ABC transporter mediates cellular uptake of the phytohormone abscisic acid.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909222107 ABA transport factors found in Arabidopsis ABC transporters.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.9.12566 Arabidopsis Lectin Receptor Kinases LecRK-IX.1 and LecRK-IX.2 Are Functional Analogs in Regulating Phytophthora Resistance and Plant Cell Death.2015 · DOI: 10.1094/mpmi-02-15-0025-r Abscisic acid transporters cooperate to control seed germination.2015 · DOI: 10.1038/ncomms9113

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032104 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009914 hormone transport 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

nta:107799533

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.598

排名 1 · LXL04_032104 · OH-1004

内质网0.180

排名 2 · LXL04_032104 · OH-1004

溶酶体／液泡0.129

排名 3 · LXL04_032104 · OH-1004

细胞质0.100

排名 4 · LXL04_032104 · OH-1004

高尔基体0.073

排名 5 · LXL04_032104 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14510.12ABC_trans_N166-216 aa

PF00005.34ABC_tran241-423 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7456-508 aa

PF01061.30ABC2_membrane577-698 aa

PF01061.30ABC2_membrane695-766 aa

PF08370.17PDR_assoc771-830 aa

PF00005.34ABC_tran893-1045 aa

PF01061.30ABC2_membrane1191-1404 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032104	`PF14510.12`	ABC_trans_N	166	216	2.7e-16	60.4
LXL04_032104	`PF00005.34`	ABC_tran	241	423	5e-79	264.3
LXL04_032104	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	456	508	3.1e-24	86.3
LXL04_032104	`PF01061.30`	ABC2_membrane	577	698	3e-198	655.0
LXL04_032104	`PF01061.30`	ABC2_membrane	695	766	3e-198	655.0
LXL04_032104	`PF08370.17`	PDR_assoc	771	830	4.5e-37	126.3
LXL04_032104	`PF00005.34`	ABC_tran	893	1045	5e-79	264.3
LXL04_032104	`PF01061.30`	ABC2_membrane	1191	1404	3e-198	655.0
LXL04_032104	`PF14510.12`	ABC_trans_N	1512	1562	2.7e-16	60.4
LXL04_032104	`PF00005.34`	ABC_tran	1587	1769	5e-79	264.3
LXL04_032104	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	1802	1899	3.1e-24	86.3
LXL04_032104	`PF01061.30`	ABC2_membrane	1923	2135	3e-198	655.0
LXL04_032104	`PF08370.17`	PDR_assoc	2144	2204	4.5e-37	126.3
LXL04_032104	`PF00005.34`	ABC_tran	2269	2421	5e-79	264.3
LXL04_032104	`PF01061.30`	ABC2_membrane	2567	2753	3e-198	655.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9E1`	拟南芥	ABC transporter G family member 40	67.653%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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