LXL04_031884 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031884

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 12656644-12659366 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2397 bp · LXL04_031884|LXL04_031884|OH1004|cDNA

ATGAATCTTACAAAGAGATTAATCAATTCAATCAGGCTCGCCAACTCGCTCTACTCGACTCACCCCAACACTCAGGTTCGAACTCGGTTTCCTGATCTACATGTACCTAATTACGTTTCCCCATTTCTCAGTTTCCACGCCAAACTCTTATTTTCTTCAAAACCAGAACAAACCCTTAATCTTATCACATCTGAGAAGTGGTCTGCGGAGTTGGAACAGGAATTAGTAAATTCAAAATCCGATTTCACCCATGAAACCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2397 bp · LXL04_031884|LXL04_031884|OH1004|CDS

ATGAATCTTACAAAGAGATTAATCAATTCAATCAGGCTCGCCAACTCGCTCTACTCGACTCACCCCAACACTCAGGTTCGAACTCGGTTTCCTGATCTACATGTACCTAATTACGTTTCCCCATTTCTCAGTTTCCACGCCAAACTCTTATTTTCTTCAAAACCAGAACAAACCCTTAATCTTATCACATCTGAGAAGTGGTCTGCGGAGTTGGAACAGGAATTAGTAAATTCAAAATCCGATTTCACCCATGAAACCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

798 aa · LXL04_031884|LXL04_031884|OH1004|PROTEIN

MNLTKRLINSIRLANSLYSTHPNTQVRTRFPDLHVPNYVSPFLSFHAKLLFSSKPEQTLNLITSEKWSAELEQELVNSKSDFTHETVMYILKKLSKEPQKASDFFKWIVEKQGFQPSSFIYSLMLRVYGNKESIKQFWVTAQKMKEGGFFIDDHAYLKILHDFKSLNMTNDAANLTKVYNSMVKDNVMNDVIKEIATVVIESDWGNGVEKKLAEIKFDFKVTDDFVLRVLKDLRRYPLKAINFFGWVSETLNYEQNSITY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031884`
TK1151 ID	TkA08G134220
OH-1004 ID	LXL04_031884
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.094 / OH-1004 57.895 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031884

位置 Chr07:12656644-12659366 (-)

描述 Similar to At3g48250: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48250, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48250`	含五肽重复的叶绿体蛋白 At3g48250。	暂无已核实直接文献
`At3g02490`	含五肽重复序列的蛋白At3g02490，线粒体的。	暂无已核实直接文献
`At5g15980`	小核糖体亚基蛋白 mS81（rPPR8）。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02490

ath:AT3G48250

ath:AT5G15980

ath:AT5G39710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.675

排名 1 · LXL04_031884 · OH-1004

质体0.223

排名 2 · LXL04_031884 · OH-1004

细胞核0.081

排名 3 · LXL04_031884 · OH-1004

细胞质0.047

排名 4 · LXL04_031884 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 5 · LXL04_031884 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N253-387 aa

PF13041.13PPR_2256-295 aa

PF17177.11PPR_long304-451 aa

PF23276.3TPR_24346-459 aa

PF13041.13PPR_2375-411 aa

PF12854.14PPR_1394-426 aa

PF29070.1MSC6_N394-491 aa

PF01535.27PPR400-430 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031884	`PF29070.1`	MSC6_N	253	387	1.5e-16	61.2
LXL04_031884	`PF13041.13`	PPR_2	256	295	1.1e-41	141.4
LXL04_031884	`PF17177.11`	PPR_long	304	451	1.5e-12	48.1
LXL04_031884	`PF23276.3`	TPR_24	346	459	1.8e-16	61.0
LXL04_031884	`PF13041.13`	PPR_2	375	411	1.1e-41	141.4
LXL04_031884	`PF12854.14`	PPR_1	394	426	1.7e-23	82.7
LXL04_031884	`PF29070.1`	MSC6_N	394	491	1.5e-16	61.2
LXL04_031884	`PF01535.27`	PPR	400	430	1.1e-24	85.6
LXL04_031884	`PF13041.13`	PPR_2	405	445	1.1e-41	141.4
LXL04_031884	`PF12854.14`	PPR_1	429	460	1.7e-23	82.7
LXL04_031884	`PF13041.13`	PPR_2	432	468	1.1e-41	141.4
LXL04_031884	`PF01535.27`	PPR	436	464	1.1e-24	85.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STK5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48250, chloroplastic	52.230%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M891`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02490, mitochondrial	31.286%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LPF1`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mS81 (rPPR8)	28.670%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	27.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	25.664%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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