LXL04_031833 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031833

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 11995549-11997716 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1718 bp · LXL04_031833|LXL04_031833|OH1004|cDNA

ATGGATGACAACGACAACAGCACCGGCACCAACTCCGCCGGACTCGAATCACCGCTACTCGACCAGTTCGTCGACGGCGTTGTTGACTATAGAGGACGTCCAGTTCTCAGATCCAAATCCGGATGCTGGCGATCCGCATATTTTATCATTGGCGTTGAAGTGGCGGAGAGATTTGCATACTATGGCGTCAGTTCAAATTTAATCACATACTTGACTGGTCCATTGGGGCAATCGATGGCTACGGCGGCCGAGAATGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · LXL04_031833|LXL04_031833|OH1004|CDS

ATGGATGACAACGACAACAGCACCGGCACCAACTCCGCCGGACTCGAATCACCGCTACTCGACCAGTTCGTCGACGGCGTTGTTGACTATAGAGGACGTCCAGTTCTCAGATCCAAATCCGGATGCTGGCGATCCGCATATTTTATCATTGGCGTTGAAGTGGCGGAGAGATTTGCATACTATGGCGTCAGTTCAAATTTAATCACATACTTGACTGGTCCATTGGGGCAATCGATGGCTACGGCGGCCGAGAATGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · LXL04_031833|LXL04_031833|OH1004|PROTEIN

MDDNDNSTGTNSAGLESPLLDQFVDGVVDYRGRPVLRSKSGCWRSAYFIIGVEVAERFAYYGVSSNLITYLTGPLGQSMATAAENVNAWSGTASLLPLLGAFIADAFLGRYLTIIIASLLYVLALAFLALSTLIPSNCTTANGESSCSPRLQVILFFSSLYLVAFAQGGHKPCVQAFGADQFDEDNPRERKAKSSFFNWWYFGLCAGPTVGIFVVSYISDNLSWGLGFGIPCIIMAVALIILLIGTITYRFGEKTEEKSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031833`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031833

位置 Chr07:11995549-11997716 (-)

描述 Similar to NPF5.10: Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22540`	蛋白 NRT1/PTR 家族 5.10。	暂无已核实直接文献
`At1g72125`	蛋白 NRT1/PTR 家族 5.13。	暂无已核实直接文献
`At1g72140`	蛋白 NRT1/PTR 家族 5.12。	暂无已核实直接文献
`At1g22550`	NRT1/PTR家族蛋白5.16。	暂无已核实直接文献
`At1g22570`	NRT1/PTR家族蛋白5.15。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031833 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0015706 nitrate transmembrane transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0042937 tripeptide transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0071916 dipeptide transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0080054 low-affinity nitrate transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22540

ath:AT1G22550

ath:AT1G22570

ath:AT1G72125

ath:AT1G72140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.638

排名 1 · LXL04_031833 · OH-1004

溶酶体／液泡0.153

排名 2 · LXL04_031833 · OH-1004

内质网0.096

排名 3 · LXL04_031833 · OH-1004

细胞质0.067

排名 4 · LXL04_031833 · OH-1004

高尔基体0.038

排名 5 · LXL04_031833 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690.22MFS_158-508 aa

PF00854.28PTR2111-521 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031833	`PF07690.22`	MFS_1	58	508	4.2e-16	59.5
LXL04_031833	`PF00854.28`	PTR2	111	521	4e-88	296.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WP01`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.10	64.564%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WSZ6`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.13	54.676%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C7U1`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.12	51.579%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SK96`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.16	54.480%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SK99`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 5.15	53.584%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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