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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_031700
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 9785576-9789002 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2043 bp · LXL04_031700|LXL04_031700|OH1004|cDNA

ATGGCGCAGATTCAGGTACAACCTCCTACGGTATCTGGACCGAACGGTGTGGCGTCGGCGGCAACGGCGACGGCCAATGCTAGCGGCGTTGCTGCTGCTGCGGCTGTTGCTGGCGCTGCCGTAGCGGTGGCTGGTGCTAATCAGGCGTTTGTTACAACGTCGCTTTACGTTGGGGACCTTGAGTTTAACGTCACTGATTCGCAGCTGTACGATCTGTTTAACCAAGTTGGTCAGGTTGTCTCTGTTAGGGTTTGTAGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · LXL04_031700|LXL04_031700|OH1004|CDS

ATGGCGCAGATTCAGGTACAACCTCCTACGGTATCTGGACCGAACGGTGTGGCGTCGGCGGCAACGGCGACGGCCAATGCTAGCGGCGTTGCTGCTGCTGCGGCTGTTGCTGGCGCTGCCGTAGCGGTGGCTGGTGCTAATCAGGCGTTTGTTACAACGTCGCTTTACGTTGGGGACCTTGAGTTTAACGTCACTGATTCGCAGCTGTACGATCTGTTTAACCAAGTTGGTCAGGTTGTCTCTGTTAGGGTTTGTAGGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

680 aa · LXL04_031700|LXL04_031700|OH1004|PROTEIN

MAQIQVQPPTVSGPNGVASAATATANASGVAAAAAVAGAAVAVAGANQAFVTTSLYVGDLEFNVTDSQLYDLFNQVGQVVSVRVCRDLTTRRSLGYGYVNYSNPPDAARAIDVLNFTAINGKAIRIMYSHRDPSIRKSGTANIFIKNLDKSIDNKALHDTFSTFGNILSCKIAVDNTGQSKGYGFVQFDTEEAAQTAIDKLNGMLINDKQVYVGHFLRKQERDSSLSRTKFNNVYVKNLSETTTDEDLKQTFGEYGIITS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_031700
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_031700
位置Chr07:9785576-9789002 (-)
描述Similar to PAB2: Polyadenylate-binding protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g34110 结合 mRNA 的聚 尾。 暂无已核实直接文献
At1g49760 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献
At2g23350 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献
At1g22760 结合 mRNA 的聚 尾。
Unexpected complexity of poly(A)-binding protein gene families in flowering plants: three conserved lineages that are at least 200 million years old and possible auto- and cross-regulation.2003 · DOI: 10.1093/genetics/163.1.311
Evidence that poly(A) binding protein has an evolutionarily conserved function in facilitating mRNA biogenesis and export.2003 · DOI: 10.1261/rna.5128903
At1g71770 结合 mRNA 的聚 尾。
Differential organ-specific expression of three poly(A)-binding-protein genes from Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1073/pnas.90.14.6686
A pollen-, ovule-, and early embryo-specific poly(A) binding protein from Arabidopsis complements essential functions in yeast.1996 · DOI: 10.1105/tpc.8.8.1261

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031700 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006413 translational initiation 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0060211 regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:1900151 regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22760
ath:AT1G49760
ath:AT1G71770
ath:AT2G23350
ath:AT4G34110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.669
排名 1 · LXL04_031700 · OH-1004
细胞核0.424
排名 2 · LXL04_031700 · OH-1004
细胞膜0.062
排名 3 · LXL04_031700 · OH-1004
线粒体0.048
排名 4 · LXL04_031700 · OH-1004
内质网0.040
排名 5 · LXL04_031700 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_155-125 aa
PF00076.29RRM_1143-211 aa
PF00076.29RRM_1234-302 aa
PF13893.13RRM_5334-414 aa
PF00076.29RRM_1337-405 aa
PF00658.25MLLE584-649 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_031700PF00076.29RRM_1551258.3e-92301.8
LXL04_031700PF00076.29RRM_11432118.3e-92301.8
LXL04_031700PF00076.29RRM_12343028.3e-92301.8
LXL04_031700PF13893.13RRM_53344142.8e-1247.1
LXL04_031700PF00076.29RRM_13374058.3e-92301.8
LXL04_031700PF00658.25MLLE5846497.1e-30103.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P42731拟南芥Polyadenylate-binding protein 266.226%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FXA2拟南芥Polyadenylate-binding protein 868.779%Swiss-Prot强数据库同源证据
O22173拟南芥Polyadenylate-binding protein 462.338%Swiss-Prot强数据库同源证据
O64380拟南芥Polyadenylate-binding protein 353.418%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q05196拟南芥Polyadenylate-binding protein 551.603%Swiss-Prot强数据库同源证据

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