LXL04_031625 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031625

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 8651409-8652725 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1317 bp · LXL04_031625|LXL04_031625|OH1004|cDNA

ATGTCGTCATTGCGGAATATACCTTCTTTACCTAAAAAAATCATGAACAAAGCCGTGCGTAATTCCGATCCTAACCTCTCCGCTAATTTACCGGCAAGCGACGACGACTATAGCAACCGTTCCAGCAACTCCGCCGCCTATGAACCCAACCGTATGAGCTGTGAGGCTTCACCCATTATGATGTCTCCATGGAACCAGACATCTTCTGTCCAGCAATCTCCGTGGTTGAGTAGCGGCGTTGACAGCTCCGGCCATCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · LXL04_031625|LXL04_031625|OH1004|CDS

ATGTCGTCATTGCGGAATATACCTTCTTTACCTAAAAAAATCATGAACAAAGCCGTGCGTAATTCCGATCCTAACCTCTCCGCTAATTTACCGGCAAGCGACGACGACTATAGCAACCGTTCCAGCAACTCCGCCGCCTATGAACCCAACCGTATGAGCTGTGAGGCTTCACCCATTATGATGTCTCCATGGAACCAGACATCTTCTGTCCAGCAATCTCCGTGGTTGAGTAGCGGCGTTGACAGCTCCGGCCATCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · LXL04_031625|LXL04_031625|OH1004|PROTEIN

MSSLRNIPSLPKKIMNKAVRNSDPNLSANLPASDDDYSNRSSNSAAYEPNRMSCEASPIMMSPWNQTSSVQQSPWLSSGVDSSGHQKNDFVGSLVREEGHIYSLAATGNLLYTGSDSKNIRVWRNMKEFTAFKSHSGLVKAIILSGDKIFTGHQDGRVRVWKKNRKDPRNHKRVGTFPTFFDVLKTSVRPKNYVEVKRKCTTLWIKHCDAISCLSIDEDEGLLYSASWDRTFKVWQTSNSKCLESVKAHDDAVNSVIGTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031625`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031625

位置 Chr07:8651409-8652725 (+)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At3g49660`	通过与ATX1、SDG14、SDG16等组蛋白H3第4位赖氨酸甲基转移酶互作，形成多种参与组蛋白甲基化的COMPASS样复合物。	Establishment of the winter-annual growth habit via FRIGIDA-mediated histone methylation at FLOWERING LOCUS C in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067967
`At4g02730`	类COMPASS H3K4组蛋白甲基转移酶组成部分 WDR5B。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031625 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0031037 myosin II filament disassembly 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:1903013 response to differentiation-inducing factor 1 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005826 actomyosin contractile ring 细胞组分

GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ath:AT3G49660

ddi:DDB_G0289115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.432

排名 1 · LXL04_031625 · OH-1004

细胞核0.375

排名 2 · LXL04_031625 · OH-1004

细胞膜0.187

排名 3 · LXL04_031625 · OH-1004

溶酶体／液泡0.069

排名 4 · LXL04_031625 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 5 · LXL04_031625 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017.3Beta-prop_SCAP35-324 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st84-181 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st98-171 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3105-168 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5106-164 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st145-287 aa

PF24796.2WDR55192-288 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5197-329 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031625	`PF24017.3`	Beta-prop_SCAP	35	324	6.8e-15	55.6
LXL04_031625	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	84	181	1.4e-25	90.8
LXL04_031625	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	98	171	1.6e-12	48.1
LXL04_031625	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	105	168	7.1e-35	121.0
LXL04_031625	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	106	164	5.4e-36	125.1
LXL04_031625	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	145	287	1.4e-25	90.8
LXL04_031625	`PF24796.2`	WDR55	192	288	6.1e-21	75.5
LXL04_031625	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	197	329	5.4e-36	125.1
LXL04_031625	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	198	277	4.6e-35	121.7
LXL04_031625	`PF00400.39`	WD40	199	235	2.9e-43	145.1
LXL04_031625	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	199	290	2.9e-24	86.6
LXL04_031625	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	201	365	5.1e-17	62.6
LXL04_031625	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	202	291	1.6e-22	80.6
LXL04_031625	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	204	389	7.1e-35	121.0
LXL04_031625	`PF24805.2`	EIF3I	208	293	1.3e-17	64.7
LXL04_031625	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	209	393	8.4e-15	55.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	Protein JINGUBANG	64.634%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2Z2`	拟南芥	COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5A	30.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SY00`	拟南芥	COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5B	25.148%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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