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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_031465
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 6302146-6304990 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1821 bp · LXL04_031465|LXL04_031465|OH1004|cDNA

ATGGCGAAATCCGTTAGCCCAGATGCGATTTCGGTGATACTGTCGAACCCTACCCCAGATTCATCAACTGATCTTCCAGAAATTGTTGTACAAGTACTTGATATGAAGGCTGCTGGTAACAGATACACGTTTAATGTGAGTGATGGCAAGCTGAAGCTCAAGACTATGTTACAATCTAGTTTGTCATCTGAAGTTATCAACGGAAATATCCAAAACCTGGGTCTTATCCGTATTAACGACTACACTCTCAACGACATCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1821 bp · LXL04_031465|LXL04_031465|OH1004|CDS

ATGGCGAAATCCGTTAGCCCAGATGCGATTTCGGTGATACTGTCGAACCCTACCCCAGATTCATCAACTGATCTTCCAGAAATTGTTGTACAAGTACTTGATATGAAGGCTGCTGGTAACAGATACACGTTTAATGTGAGTGATGGCAAGCTGAAGCTCAAGACTATGTTACAATCTAGTTTGTCATCTGAAGTTATCAACGGAAATATCCAAAACCTGGGTCTTATCCGTATTAACGACTACACTCTCAACGACATCCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

606 aa · LXL04_031465|LXL04_031465|OH1004|PROTEIN

MAKSVSPDAISVILSNPTPDSSTDLPEIVVQVLDMKAAGNRYTFNVSDGKLKLKTMLQSSLSSEVINGNIQNLGLIRINDYTLNDIPNKNEKYLIVTKCEAVSPPLEAEFKVFPPSTEVKIEGSGNMMKPKQEVITKSAAQIVNEQNKNMAPSARMAMTRRVHPLASLNPYQGNWTIKVRVTAKGTMRTYKNAKGEGCVFNVELTDEDGTQIQATMFSEAARKFFDIFQMGKVYYISKGTLKVANKQYKTVENDYEMTLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_031465
TK1151 IDTkA08G108110
OH-1004 IDLXL04_031465
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_031465
位置Chr07:6302146-6304990 (+)
描述Similar to RPA1B: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g08020 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
At5g61000 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
At2g06510 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 的组成部分。
Replication protein A (AtRPA1a) is required for class I crossover formation but is dispensable for meiotic DNA break repair.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2008.295
Arabidopsis replication protein A 70a is required for DNA damage response and telomere length homeostasis.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp140

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0214100 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。
Two types of replication protein A in seed plants.2005 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04719.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031465 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000723 telomere maintenance 生物过程
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0006312 mitotic recombination 生物过程
GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0007141 male meiosis I 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
GO:0033260 nuclear DNA replication 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G06510
ath:AT5G08020
ath:AT5G61000
dosa:Os03g0214100
spo:2541158
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937
排名 1 · LXL04_031465 · OH-1004
细胞质0.198
排名 2 · LXL04_031465 · OH-1004
线粒体0.027
排名 3 · LXL04_031465 · OH-1004
细胞膜0.019
排名 4 · LXL04_031465 · OH-1004
内质网0.010
排名 5 · LXL04_031465 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04057.19Rep-A_N5-103 aa
PF02721.22DUF223167-272 aa
PF01336.32tRNA_anti-codon176-262 aa
PF16900.12REPA_OB_2292-389 aa
PF08646.17Rep_fac-A_C452-597 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_031465PF04057.19Rep-A_N51031.7e-2383.2
LXL04_031465PF02721.22DUF2231672721.7e-1041.8
LXL04_031465PF01336.32tRNA_anti-codon1762624.9e-0936.7
LXL04_031465PF16900.12REPA_OB_22923892.6e-2485.7
LXL04_031465PF08646.17Rep_fac-A_C4525975.6e-43146.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SD82拟南芥Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B67.875%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FME0拟南芥Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D66.613%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SKI4拟南芥Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A31.346%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q10Q08水稻Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B62.300%Swiss-Prot强数据库同源证据

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