LXL04_031291 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031291

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4208370-4212816 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2610 bp · LXL04_031291|LXL04_031291|OH1004|cDNA

ATGGAAAATTTCATTGATGTAGTGACCGGTGAGTACAGAGTTGTAAAGAAGAAGGGAAAGCATGTGCCATGTGGTATCACTCATTGGAAAATACGCAACAATCGAAAAGTTAAGCATATGAAATTACACGAGAAGATGGATGTTGATGAGATATTTGTGACGAGGGAAAGCAGCGAGGGCTCGACGATGGAAGAAGGTCAAAATCACCCAAAAAATGCCGATAAACGGATTAAGATTGAAGAACTCATTGAAAAGGCGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2610 bp · LXL04_031291|LXL04_031291|OH1004|CDS

ATGGAAAATTTCATTGATGTAGTGACCGGTGAGTACAGAGTTGTAAAGAAGAAGGGAAAGCATGTGCCATGTGGTATCACTCATTGGAAAATACGCAACAATCGAAAAGTTAAGCATATGAAATTACACGAGAAGATGGATGTTGATGAGATATTTGTGACGAGGGAAAGCAGCGAGGGCTCGACGATGGAAGAAGGTCAAAATCACCCAAAAAATGCCGATAAACGGATTAAGATTGAAGAACTCATTGAAAAGGCGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

869 aa · LXL04_031291|LXL04_031291|OH1004|PROTEIN

MENFIDVVTGEYRVVKKKGKHVPCGITHWKIRNNRKVKHMKLHEKMDVDEIFVTRESSEGSTMEEGQNHPKNADKRIKIEELIEKAGDDKISALPDCVLLEILSRLPSTKDAIRTGTLSRRWEHVWTSVPTLIFQLSYYSPYQCLENPNSVSDFVLSVSKTITQCRELKLQKFEVVTFYDRRFDSQFNNWIRRAINCNVEELHLYFRYPGREAEFPLDEFISMNSCFTDLTLKGCILNPTASISWKNLKSLSISYLHLDQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031291`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031291

位置 Chr07:4208370-4212816 (-)

描述 Similar to At5g03100: F-box protein At5g03100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03100`	F-box蛋白At5g03100。	暂无已核实直接文献
`At3g03360`	F-box/LRR重复蛋白At3g03360。	暂无已核实直接文献
`At5g02930`	假定的F-box/LRR重复蛋白 At5g02930。	暂无已核实直接文献
`At5g02700`	假定的F-box/LRR重复蛋白 At5g02700。	暂无已核实直接文献
`At5g02920`	F-box/LRR重复蛋白 25。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031291 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G03100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.693

排名 1 · LXL04_031291 · OH-1004

细胞质0.368

排名 2 · LXL04_031291 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 3 · LXL04_031291 · OH-1004

内质网0.043

排名 4 · LXL04_031291 · OH-1004

线粒体0.026

排名 5 · LXL04_031291 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box91-130 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1167-280 aa

PF24758.2LRR_At5g56370188-280 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1306-488 aa

PF24758.2LRR_At5g56370330-476 aa

PF00646.39F-box629-667 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1708-816 aa

PF24758.2LRR_At5g56370726-816 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031291	`PF00646.39`	F-box	91	130	3.4e-11	43.3
LXL04_031291	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	167	280	8.5e-29	101.8
LXL04_031291	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	188	280	1.3e-26	94.4
LXL04_031291	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	306	488	8.5e-29	101.8
LXL04_031291	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	330	476	1.3e-26	94.4
LXL04_031291	`PF00646.39`	F-box	629	667	3.4e-11	43.3
LXL04_031291	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	708	816	8.5e-29	101.8
LXL04_031291	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	726	816	1.3e-26	94.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q501G5`	拟南芥	F-box protein At5g03100	37.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84W80`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein At3g03360	30.798%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYZ2`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein At5g02930	34.197%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LZ15`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein At5g02700	30.542%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1PE04`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 25	31.633%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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