LXL04_031240 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031240

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 3005417-3006040 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

624 bp · LXL04_031240|LXL04_031240|OH1004|cDNA

ATGGCCACAATTCCCGCAAATGGCATTGTGCACCACGAAACCACCCTCGAGCTTGAACCCAAAGACTTGTTCGACTACTCAAAACGGTCCCAATGGCTACGAGCCGCGGTCTTAGGAGCCAATGATGGCTTGGTTTCCACCGCATCCCTAATGATGGGTGTTGGAGCCGTTAAACAAGATATCAAAGCTATGATATTGACCGGCTTTGCTGGCTTAGTAGCTGGAGCTTGTAGTATGGCTATCGGTGAATTTGTATCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

624 bp · LXL04_031240|LXL04_031240|OH1004|CDS

ATGGCCACAATTCCCGCAAATGGCATTGTGCACCACGAAACCACCCTCGAGCTTGAACCCAAAGACTTGTTCGACTACTCAAAACGGTCCCAATGGCTACGAGCCGCGGTCTTAGGAGCCAATGATGGCTTGGTTTCCACCGCATCCCTAATGATGGGTGTTGGAGCCGTTAAACAAGATATCAAAGCTATGATATTGACCGGCTTTGCTGGCTTAGTAGCTGGAGCTTGTAGTATGGCTATCGGTGAATTTGTATCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

207 aa · LXL04_031240|LXL04_031240|OH1004|PROTEIN

MATIPANGIVHHETTLELEPKDLFDYSKRSQWLRAAVLGANDGLVSTASLMMGVGAVKQDIKAMILTGFAGLVAGACSMAIGEFVSVYSQLDIEVAQLKRDFNRRDIDVVEAEGLPNPWQAAAASALAFSLGALVPLLAASFIKPYKMRILVMAVAVTVALAVFGWLGAALGRAPAYKSTLRVVVGGWMAMAITYGLTSLIGAKGLH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031240`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031240

位置 Chr07:3005417-3006040 (-)

描述 Similar to At3g43660: Vacuolar iron transporter homolog 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g43660`	可能的液泡铁转运蛋白，可能参与植物体内铁分布的调节。	暂无已核实直接文献
`At1g76800`	液泡铁转运蛋白参与将铁离子从细胞质转移到液泡以储存细胞内的铁。	Vacuolar-Iron-Transporter1-Like proteins mediate iron homeostasis in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0110468
`At3g43630`	可能的液泡铁转运蛋白，可能参与整个植物中铁分布的调节。	Members of a small family of nodulin-like genes are regulated under iron deficiency in roots of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2011.02.011
`At1g21140`	液泡铁转运蛋白参与将铁离子从细胞质转移到液泡以储存细胞内的铁。	Vacuolar-Iron-Transporter1-Like proteins mediate iron homeostasis in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0110468

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031240 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0030026 intracellular manganese ion homeostasis 生物过程

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005381 iron ion transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0005384 manganese ion transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21140

ath:AT1G76800

ath:AT3G43630

ath:AT3G43660

gmx:100791523

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.407

排名 1 · LXL04_031240 · OH-1004

溶酶体／液泡0.350

排名 2 · LXL04_031240 · OH-1004

内质网0.128

排名 3 · LXL04_031240 · OH-1004

细胞质0.113

排名 4 · LXL04_031240 · OH-1004

高尔基体0.098

排名 5 · LXL04_031240 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01988.25VIT133-101 aa

PF01988.25VIT1112-197 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031240	`PF01988.25`	VIT1	33	101	3.2e-41	142.2
LXL04_031240	`PF01988.25`	VIT1	112	197	3.2e-41	142.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2C0`	拟南芥	Vacuolar iron transporter homolog 4	68.586%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SRD3`	拟南芥	Vacuolar iron transporter homolog 2	72.821%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2C3`	拟南芥	Vacuolar iron transporter homolog 3	71.795%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LPU9`	拟南芥	Vacuolar iron transporter homolog 1	70.681%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情