基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_030958
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 125653252-125658674
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2637 bp · LXL04_030958|LXL04_030958|OH1004|cDNA
ATGTCCGCCAAGGCCAGAACCCTCACCAAGCTGGTAAGTTCCGCCACCACGTACTCCGTTCGCACGGCCAATAACCTCGCCCGTTCCGCCGTCACTATCACCTCGCCTCTCAGCTCCGCCGCAGCACAGGACGTAACCTTGAAGAACTATATACAACTTACCAACGCCGCAAAATATTCTTCTTCATCATCACGTCTTAAACCCCCAAAATCAAAAaaatcttcatcttcctcaaAATCAAAGAGATCTTCATTTTCCAA...
CDS
下载 CDS FASTA2637 bp · LXL04_030958|LXL04_030958|OH1004|CDS
ATGTCCGCCAAGGCCAGAACCCTCACCAAGCTGGTAAGTTCCGCCACCACGTACTCCGTTCGCACGGCCAATAACCTCGCCCGTTCCGCCGTCACTATCACCTCGCCTCTCAGCTCCGCCGCAGCACAGGACGTAACCTTGAAGAACTATATACAACTTACCAACGCCGCAAAATATTCTTCTTCATCATCACGTCTTAAACCCCCAAAATCAAAAAAATCTTCATCTTCCTCAAAATCAAAGAGATCTTCATTTTCCAA...
878 aa · LXL04_030958|LXL04_030958|OH1004|PROTEIN
MSAKARTLTKLVSSATTYSVRTANNLARSAVTITSPLSSAAAQDVTLKNYIQLTNAAKYSSSSSRLKPPKSKKSSSSSKSKRSSFSKPLSELAIESIRINTSASLSDTKRALSRELSSILCDAEETETETETDDVEEPLVTLLEIPWLPPVSNTTTSQRRRELFRVKKAKWVFKSTQGNRFSKLTRMCTHNLGAKVAIEVFGKLGRETGPKEYNAMIDICIEKARNTDDEDVALEEFHRAYRVFECMREFGFEIKEQTYG...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_030958 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_030958 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:125653252-125658674 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to At4g04790: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04790, mitochondrial | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 GO:0004016 adenylate cyclase activity 分子功能 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G62590 ath:AT4G04790 ath:AT4G21880 ath:AT5G65560 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
线粒体0.739
质体0.183
细胞核0.074
细胞质0.051
细胞膜0.015
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF17177.11PPR_long432-569 aaPF13812.13PPR_3451-512 aaPF13812.13PPR_3490-544 aaPF13812.13PPR_3522-579 aaPF13041.13PPR_2532-579 aaPF29070.1MSC6_N535-624 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_030958 | PF17177.11 | PPR_long | 432 | 569 | 2.4e-17 | 63.7 |
| LXL04_030958 | PF13812.13 | PPR_3 | 451 | 512 | 7.1e-19 | 68.4 |
| LXL04_030958 | PF13812.13 | PPR_3 | 490 | 544 | 7.1e-19 | 68.4 |
| LXL04_030958 | PF13812.13 | PPR_3 | 522 | 579 | 7.1e-19 | 68.4 |
| LXL04_030958 | PF13041.13 | PPR_2 | 532 | 579 | 3.5e-27 | 95.0 |
| LXL04_030958 | PF29070.1 | MSC6_N | 535 | 624 | 8.9e-09 | 35.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q6NQ81 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04790, mitochondrial | 44.804% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O49711 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21880, mitochondrial | 43.343% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9LSL9 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560 | 24.586% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SIC9 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein GUN1, chloroplastic | 23.108% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SXD8 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62590 | 24.468% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |