LXL04_030852 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030852

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 124161900-124166349 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2847 bp · LXL04_030852|LXL04_030852|OH1004|cDNA

ATGCAAATGCAAAAAATGGGTACCGGTGATGGCAGAGATGGGCTGCCGGAGAGTACCCGGTTAACTGATACGGAGGTTGTTGGCTCTGACAGGACGGCGTTTAGTGGTCCGCTGAACAAAAGAGGTACTCGTAAAAGCGCGAGGTTTAATATTCCAGACGACGGCGGTAGTAGCAGCGGCGGTGGAAGTACGAAGTCGAGAAATAACGACGATTACGTTGAGATTACTTTGGATGTCGGCGACGATTCGGTGGCGGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2847 bp · LXL04_030852|LXL04_030852|OH1004|CDS

ATGCAAATGCAAAAAATGGGTACCGGTGATGGCAGAGATGGGCTGCCGGAGAGTACCCGGTTAACTGATACGGAGGTTGTTGGCTCTGACAGGACGGCGTTTAGTGGTCCGCTGAACAAAAGAGGTACTCGTAAAAGCGCGAGGTTTAATATTCCAGACGACGGCGGTAGTAGCAGCGGCGGTGGAAGTACGAAGTCGAGAAATAACGACGATTACGTTGAGATTACTTTGGATGTCGGCGACGATTCGGTGGCGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

948 aa · LXL04_030852|LXL04_030852|OH1004|PROTEIN

MQMQKMGTGDGRDGLPESTRLTDTEVVGSDRTAFSGPLNKRGTRKSARFNIPDDGGSSSGGGSTKSRNNDDYVEITLDVGDDSVAVHSVKTAGGGDLEDPELTLLAKGLEKRSSLGASVVRNASSRIRQVSEELRKLTSFSKRPTGGRLDRTKSAATHALKGLKFISKTDGAAAWAALEKRFDDLTATTTGLLPRALFGECIGMNKDSKEFAGELFDALSRRRNITGNMINKGQLKEFWDQIADQSFDSRLQTFFDMVDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030852`
TK1151 ID	TkA07G437130
OH-1004 ID	LXL04_030852
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030852

位置 Chr06:124161900-124166349 (-)

描述 Similar to RBOHC: Respiratory burst oxidase homolog protein C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47910`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	Arabidopsis gp91phox homologues AtrbohD and AtrbohF are required for accumulation of reactive oxygen intermediates in the plant defense response.2002 · DOI: 10.1073/pnas.012452499 NADPH oxidase AtrbohD and AtrbohF genes function in ROS-dependent ABA signaling in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg277 Cytosolic ascorbate peroxidase 1 is a central component of the reactive oxygen gene network of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026971 Extracellular ATP induces the accumulation of superoxide via NADPH oxidases in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.073072 The role of NADPH oxidase and MAP kinase phosphatase in UV-B-dependent gene expression in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2006.01555.x Arabidopsis thaliana expresses multiple lines of defense to counterattack Erwinia chrysanthemi.2007 · DOI: 10.1094/mpmi-20-7-0794 The MAP4 Kinase SIK1 Ensures Robust Extracellular ROS Burst and Antibacterial Immunity in Plants.2018 · DOI: 10.1016/j.chom.2018.08.007
`At5g51060`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	Reactive oxygen species produced by NADPH oxidase regulate plant cell growth.2003 · DOI: 10.1038/nature01485 Hydrogen peroxide mediates plant root cell response to nutrient deprivation.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0401707101

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030852 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007231 osmosensory signaling pathway 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0033198 response to ATP 生物过程

GO:0033500 carbohydrate homeostasis 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G47910

ath:AT5G51060

sot:102586476

sot:102598898

sot:102603596

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.848

排名 1 · LXL04_030852 · OH-1004

细胞质0.126

排名 2 · LXL04_030852 · OH-1004

内质网0.074

排名 3 · LXL04_030852 · OH-1004

细胞核0.041

排名 4 · LXL04_030852 · OH-1004

高尔基体0.039

排名 5 · LXL04_030852 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08414.17NADPH_Ox148-249 aa

PF13499.13EF-hand_7249-313 aa

PF01794.26Ferric_reduct416-563 aa

PF08022.19FAD_binding_8607-745 aa

PF08030.18NAD_binding_6751-930 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030852	`PF08414.17`	NADPH_Ox	148	249	1.1e-38	132.3
LXL04_030852	`PF13499.13`	EF-hand_7	249	313	7.6e-06	26.9
LXL04_030852	`PF01794.26`	Ferric_reduct	416	563	5.1e-13	49.9
LXL04_030852	`PF08022.19`	FAD_binding_8	607	745	2.1e-36	125.0
LXL04_030852	`PF08030.18`	NAD_binding_6	751	930	4.6e-50	170.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIJ0`	拟南芥	Respiratory burst oxidase homolog protein D	67.519%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81210`	拟南芥	Respiratory burst oxidase homolog protein C	68.242%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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