LXL04_030709 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030709

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 121136336-121138700 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1104 bp · LXL04_030709|LXL04_030709|OH1004|cDNA

ATGGCGGTCAGGGGCGTCGATTTTAAGTGGTACGATGGGTTTTTCCTGTCTATGCTTGCCACTAGTATAATTATAGTTGCAATCAACTGGAAACGTTACCATCTATGCACACATCCACTACATATCTGGATCGTGGTTGATTATACCACAGTCTTCATATTTCGTCTGTTGATGTTTGTCGACAATGGGCTTGCAGCTGGAATGGGATTAGATTTCGGCCGGCAGCAGAGACAAGCTCGGTTCTGTGGAAGAGCGGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · LXL04_030709|LXL04_030709|OH1004|CDS

ATGGCGGTCAGGGGCGTCGATTTTAAGTGGTACGATGGGTTTTTCCTGTCTATGCTTGCCACTAGTATAATTATAGTTGCAATCAACTGGAAACGTTACCATCTATGCACACATCCACTACATATCTGGATCGTGGTTGATTATACCACAGTCTTCATATTTCGTCTGTTGATGTTTGTCGACAATGGGCTTGCAGCTGGAATGGGATTAGATTTCGGCCGGCAGCAGAGACAAGCTCGGTTCTGTGGAAGAGCGGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

367 aa · LXL04_030709|LXL04_030709|OH1004|PROTEIN

MAVRGVDFKWYDGFFLSMLATSIIIVAINWKRYHLCTHPLHIWIVVDYTTVFIFRLLMFVDNGLAAGMGLDFGRQQRQARFCGRAVVLSILSIFLYPFLWAWTVIGSLWFTSSKNCLPEEGQKWGFLIWLLFSYSGLVCIAALCTKKWLNRRKAHSLRAQQGIPVSEYGVLVDMVRVPDWAFETAIGQEMRGMAQDAATSYHPGLYLTEPQREAVEALIQELPKFMLKAVPTDCSECPICLEEFHVGNEVRGLPCAHNFH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030709`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030709

位置 Chr06:121136336-121138700 (+)

描述 Similar to SIS3: E3 ubiquitin-protein ligase SIS3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47990`	E3 泛素蛋白连接酶在幼苗早期发育过程中充当糖信号传导的正调节剂。	SUGAR-INSENSITIVE3, a RING E3 ligase, is a new player in plant sugar response.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.150573
`At2g17730`	内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。	暂无已核实直接文献
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At3g18930`	RING-H2 指蛋白 ATL65。	暂无已核实直接文献
`At2g35910`	RING-H2 锌指蛋白 ATL70。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031982 vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17730

ath:AT2G35910

ath:AT3G18930

ath:AT3G47990

ath:AT5G66070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.275

排名 1 · LXL04_030709 · OH-1004

内质网0.267

排名 2 · LXL04_030709 · OH-1004

高尔基体0.264

排名 3 · LXL04_030709 · OH-1004

细胞膜0.234

排名 4 · LXL04_030709 · OH-1004

溶酶体／液泡0.219

排名 5 · LXL04_030709 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26753.1SIS3_N11-161 aa

PF13639.13zf-RING_2236-278 aa

PF17123.12zf-RING_11236-264 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2236-277 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX237-275 aa

PF00097.32zf-C3HC4237-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030709	`PF26753.1`	SIS3_N	11	161	2e-68	229.7
LXL04_030709	`PF13639.13`	zf-RING_2	236	278	7.5e-14	52.4
LXL04_030709	`PF17123.12`	zf-RING_11	236	264	3.9e-10	40.0
LXL04_030709	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	236	277	1.2e-08	35.3
LXL04_030709	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	237	275	7.2e-08	33.0
LXL04_030709	`PF00097.32`	zf-C3HC4	237	277	1.4e-07	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYT9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SIS3	71.944%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GT74`	拟南芥	NEP1-interacting protein 2	38.462%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKX5`	拟南芥	NEP1-interacting protein-like 1	35.897%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q67YI6`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL65	30.263%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RX29`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL70	41.304%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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