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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_030697
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 120940320-120943943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2142 bp · LXL04_030697|LXL04_030697|OH1004|cDNA

ATGGCGTCGTATGGAGGGACGACACAAAAGTGTAAGGCTTGTGAGAAGACTGTTTACTTGGTGGATGAACTGACTGTTGATAATAAAGTTTATCATAGGGCTTGTTTCAGATGCCACCATTGCAAGAGCACCCTCAAGTTGAGTAATTACAGCTCTTTTGAAGGAGTGTTATATTGTCAACCTCATTTTGATCAGCTCTTCAAATTAACCGGAAGTTTGGATAAGAGTTTTGAAGGTACCCCCAAAACGGTTCGAGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2142 bp · LXL04_030697|LXL04_030697|OH1004|CDS

ATGGCGTCGTATGGAGGGACGACACAAAAGTGTAAGGCTTGTGAGAAGACTGTTTACTTGGTGGATGAACTGACTGTTGATAATAAAGTTTATCATAGGGCTTGTTTCAGATGCCACCATTGCAAGAGCACCCTCAAGTTGAGTAATTACAGCTCTTTTGAAGGAGTGTTATATTGTCAACCTCATTTTGATCAGCTCTTCAAATTAACCGGAAGTTTGGATAAGAGTTTTGAAGGTACCCCCAAAACGGTTCGAGTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

713 aa · LXL04_030697|LXL04_030697|OH1004|PROTEIN

MASYGGTTQKCKACEKTVYLVDELTVDNKVYHRACFRCHHCKSTLKLSNYSSFEGVLYCQPHFDQLFKLTGSLDKSFEGTPKTVRVDRSSDHGQSNTRVSSMFGGTQAKCITCKKTVYPLEKVGVDGDAYHKACFKCSYGGCHISPSNYVAHEHQLYCKHHAAQLFMAKGNFSQFDKQHEPDNNNGVTENTTELLKHRPSLKQTKQIHAQIIFRSLGESNNLTGALIRSYTAHGKLKSARKVFSKYPLLPPTFLWNLIIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_030697
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_030697
位置Chr06:120940320-120943943 (+)
描述Similar to PCMP-H61: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g66520 含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。 暂无已核实直接文献
At4g37380 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。 暂无已核实直接文献
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At5g40405 推测含五重复肽的蛋白 At5g40405。 暂无已核实直接文献
At5g59200 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20540
ath:AT4G37380
ath:AT5G40405
ath:AT5G59200
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.582
排名 1 · LXL04_030697 · OH-1004
质体0.237
排名 2 · LXL04_030697 · OH-1004
细胞核0.083
排名 3 · LXL04_030697 · OH-1004
细胞质0.062
排名 4 · LXL04_030697 · OH-1004
过氧化物酶体0.010
排名 5 · LXL04_030697 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00412.29LIM11-66 aa
PF00412.29LIM110-164 aa
PF13041.13PPR_2357-389 aa
PF01535.27PPR360-389 aa
PF13041.13PPR_2389-438 aa
PF29070.1MSC6_N395-486 aa
PF13041.13PPR_2491-538 aa
PF01535.27PPR494-520 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_030697PF00412.29LIM11666.9e-1968.6
LXL04_030697PF00412.29LIM1101646.9e-1968.6
LXL04_030697PF13041.13PPR_23573891.2e-43147.7
LXL04_030697PF01535.27PPR3603895.6e-45149.2
LXL04_030697PF13041.13PPR_23894381.2e-43147.7
LXL04_030697PF29070.1MSC6_N3954861.6e-1144.6
LXL04_030697PF13041.13PPR_24915381.2e-43147.7
LXL04_030697PF01535.27PPR4945205.6e-45149.2
LXL04_030697PF17177.11PPR_long5096108e-1142.4
LXL04_030697PF20431.5E_motif6216695.3e-0833.7
LXL04_030697PF20430.4Eplus_motif6747011.9e-0834.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FJY7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6652039.645%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SZT8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein ELI1, chloroplastic37.452%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SIL5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054035.842%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FND7拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4040535.125%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FIF7拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59200, chloroplastic34.091%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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