LXL04_030647 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030647

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 120221678-120225722 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2577 bp · LXL04_030647|LXL04_030647|OH1004|cDNA

ATGACTGATCTACAGAAGAATAGCATCGAGGAGCAGAATGTCCAGGAGGCTATTGCTTCTTTGAAAAACTGGTCATATCTACTGAGATATGGACGATTGGGGAAGCCAAGGTTCTTCCCCTTTCGAATCTCTAACGATGAAACAACATTAATCTGGTGTATTTCAAGGAAGGAGAAACATATTCCATTGATTCAAGTCTCTAAGATTATGCGTGGACAACGAACGGCAGTATTCCAACGGTATCCTCAACCTGATAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2577 bp · LXL04_030647|LXL04_030647|OH1004|CDS

ATGACTGATCTACAGAAGAATAGCATCGAGGAGCAGAATGTCCAGGAGGCTATTGCTTCTTTGAAAAACTGGTCATATCTACTGAGATATGGACGATTGGGGAAGCCAAGGTTCTTCCCCTTTCGAATCTCTAACGATGAAACAACATTAATCTGGTGTATTTCAAGGAAGGAGAAACATATTCCATTGATTCAAGTCTCTAAGATTATGCGTGGACAACGAACGGCAGTATTCCAACGGTATCCTCAACCTGATAAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

858 aa · LXL04_030647|LXL04_030647|OH1004|PROTEIN

MTDLQKNSIEEQNVQEAIASLKNWSYLLRYGRLGKPRFFPFRISNDETTLIWCISRKEKHIPLIQVSKIMRGQRTAVFQRYPQPDKEQQSFSVLYGNRSLDVICKDKSEAETWLLALQTLISKNSNSQISKNIDNITSSDGSSSITQRNSTSDILEDSCKYETFTFPISRALSDVLLCTESAKTPPTIIPKSYTSNIHGPRLDDVESLHDVFIWGEGTCDRLLGGGIGTGIGMSNSNSAKIDSLSPKALKRSIAFDARKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030647`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030647

位置 Chr06:120221678-120225722 (+)

描述 Similar to PRAF1: PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76950`	能结合磷脂酸和磷脂肌醇类，如PtdIns3P、PtdIns(3,4)P(2)、PtdIns(3,4,5)P(3)和PtdIns(4,5)P(2)。	暂无已核实直接文献
`At5g63860`	UV-B 特异性信号成分，充当 UV-B 光感受器，在植物中建立紫外线防护反应中发挥关键作用。	A UV-B-specific signaling component orchestrates plant UV protection.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0507187102 UV-B promotes rapid nuclear translocation of the Arabidopsis UV-B specific signaling component UVR8 and activates its function in the nucleus.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053330 UV-B signaling pathways with different fluence-rate response profiles are distinguished in mature Arabidopsis leaf tissue by requirement for UVR8, HY5, and HYH.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.108456 Interaction of COP1 and UVR8 regulates UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.4 UVR8 in Arabidopsis thaliana regulates multiple aspects of cellular differentiation during leaf development in response to ultraviolet B radiation.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02855.x Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107 Functional interaction of the circadian clock and UV RESISTANCE LOCUS 8-controlled UV-B signaling pathways in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04573.x Perception of UV-B by the Arabidopsis UVR8 protein.2011 · DOI: 10.1126/science.1200660 UVR8 mediates UV-B-induced Arabidopsis defense responses against Botrytis cinerea by controlling sinapate accumulation.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss025 C-terminal region of the UV-B photoreceptor UVR8 initiates signaling through interaction with the COP1 protein.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1210898109 In vivo function of tryptophans in the Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101451 The UV-B photoreceptor UVR8 promotes photosynthetic efficiency in Arabidopsis thaliana exposed to elevated levels of UV-B.2012 · DOI: 10.1007/s11120-012-9785-y

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030647 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76950

ath:AT5G63860

mmu:15204

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534

排名 1 · LXL04_030647 · OH-1004

细胞核0.277

排名 2 · LXL04_030647 · OH-1004

细胞膜0.212

排名 3 · LXL04_030647 · OH-1004

高尔基体0.068

排名 4 · LXL04_030647 · OH-1004

溶酶体／液泡0.064

排名 5 · LXL04_030647 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25390.2WD40_RLD210-576 aa

PF13540.13RCC1_2258-283 aa

PF00415.25RCC1273-322 aa

PF13540.13RCC1_2312-332 aa

PF13540.13RCC1_2362-390 aa

PF00415.25RCC1378-427 aa

PF13540.13RCC1_2415-448 aa

PF00415.25RCC1438-484 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030647	`PF25390.2`	WD40_RLD	210	576	7.6e-78	263.1
LXL04_030647	`PF13540.13`	RCC1_2	258	283	4.7e-42	141.5
LXL04_030647	`PF00415.25`	RCC1	273	322	3.2e-71	236.4
LXL04_030647	`PF13540.13`	RCC1_2	312	332	4.7e-42	141.5
LXL04_030647	`PF13540.13`	RCC1_2	362	390	4.7e-42	141.5
LXL04_030647	`PF00415.25`	RCC1	378	427	3.2e-71	236.4
LXL04_030647	`PF13540.13`	RCC1_2	415	448	4.7e-42	141.5
LXL04_030647	`PF00415.25`	RCC1	438	484	3.2e-71	236.4
LXL04_030647	`PF13540.13`	RCC1_2	512	541	4.7e-42	141.5
LXL04_030647	`PF00415.25`	RCC1	530	577	3.2e-71	236.4
LXL04_030647	`PF01363.28`	FYVE	584	647	1.6e-13	51.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q947D2`	拟南芥	PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1	41.911%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN03`	拟南芥	Ultraviolet-B receptor UVR8	36.254%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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