LXL04_030614 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030614

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 119572821-119574770 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1950 bp · LXL04_030614|LXL04_030614|OH1004|cDNA

ATGAATCTGATTCATGGAAGAAATCACCCAACCTGCAAGACGATGAAGATTTCTGCCATTAAAACCAAGTTCTCACGCACCAGATATCTTTCTCCCCTCTCTTCAGCTTCCTCATTTTCATCTTTTCAGTCGAACCTCGCACACAAAATCCTAAACTCTAGTTCCGCAAGTGAAGCGCTTCAGTTGTATTACTCATCTTTCACGAACACCGATCCCACCAAGAATTTAAAACTGCATTCAGCAACCATCCATTTCTTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · LXL04_030614|LXL04_030614|OH1004|CDS

ATGAATCTGATTCATGGAAGAAATCACCCAACCTGCAAGACGATGAAGATTTCTGCCATTAAAACCAAGTTCTCACGCACCAGATATCTTTCTCCCCTCTCTTCAGCTTCCTCATTTTCATCTTTTCAGTCGAACCTCGCACACAAAATCCTAAACTCTAGTTCCGCAAGTGAAGCGCTTCAGTTGTATTACTCATCTTTCACGAACACCGATCCCACCAAGAATTTAAAACTGCATTCAGCAACCATCCATTTCTTAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · LXL04_030614|LXL04_030614|OH1004|PROTEIN

MNLIHGRNHPTCKTMKISAIKTKFSRTRYLSPLSSASSFSSFQSNLAHKILNSSSASEALQLYYSSFTNTDPTKNLKLHSATIHFLTNARLYLKARCLIKDLIEALNRSCSPHRVCSLLFQALNHPELTQPKTNVFGVLMTALTELGFVDEAYWVLMKTDELPPLQVCNRILNGFVKVRRFNAMWEVHKHITSHHISPNVVTYGILIDACCHEGDIHKARNLFDEMLERGMNPNVFIYTTFIRGLCCEGRMLEAESMFAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030614`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030614

位置 Chr06:119572821-119574770 (-)

描述 Similar to At5g61400: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61400

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61400`	含五聚肽重复的蛋白 At5g61400。	暂无已核实直接文献
`At2g02150`	推定含五聚重复序列蛋白 At2g02150。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At3g22470`	含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62590`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62590。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030614 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0090615 mitochondrial mRNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0036002 pre-mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G02150

ath:AT5G61400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.782

排名 1 · LXL04_030614 · OH-1004

质体0.116

排名 2 · LXL04_030614 · OH-1004

细胞核0.047

排名 3 · LXL04_030614 · OH-1004

细胞质0.037

排名 4 · LXL04_030614 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_030614 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N156-364 aa

PF13812.13PPR_3167-211 aa

PF13041.13PPR_2168-212 aa

PF23276.3TPR_24168-296 aa

PF12854.14PPR_1196-226 aa

PF13812.13PPR_3196-242 aa

PF13041.13PPR_2198-246 aa

PF01535.27PPR201-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030614	`PF29070.1`	MSC6_N	156	364	5.1e-28	99.0
LXL04_030614	`PF13812.13`	PPR_3	167	211	6.7e-53	177.4
LXL04_030614	`PF13041.13`	PPR_2	168	212	5.7e-125	408.1
LXL04_030614	`PF23276.3`	TPR_24	168	296	3.5e-23	82.7
LXL04_030614	`PF12854.14`	PPR_1	196	226	6.1e-104	340.1
LXL04_030614	`PF13812.13`	PPR_3	196	242	6.7e-53	177.4
LXL04_030614	`PF13041.13`	PPR_2	198	246	5.7e-125	408.1
LXL04_030614	`PF01535.27`	PPR	201	230	9.4e-86	277.0
LXL04_030614	`PF17177.11`	PPR_long	217	303	2.6e-26	93.0
LXL04_030614	`PF13812.13`	PPR_3	222	278	6.7e-53	177.4
LXL04_030614	`PF12854.14`	PPR_1	229	261	6.1e-104	340.1
LXL04_030614	`PF13041.13`	PPR_2	233	282	5.7e-125	408.1
LXL04_030614	`PF01535.27`	PPR	237	265	9.4e-86	277.0
LXL04_030614	`PF13812.13`	PPR_3	257	315	6.7e-53	177.4
LXL04_030614	`PF12854.14`	PPR_1	265	295	6.1e-104	340.1
LXL04_030614	`PF13041.13`	PPR_2	272	315	5.7e-125	408.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLJ4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61400	45.854%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C894`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02150	31.966%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	30.521%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NQ83`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial	33.487%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SXD8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62590	30.452%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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