LXL04_030588 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030588

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 119292217-119304199 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6286 bp · LXL04_030588|LXL04_030588|OH1004|cDNA

CACTACTTCACCGTTCCTCTACGACCGGACTGTCTTCCCGCCATCACAAAGAAGAAAAAGCAAAATGTTACTCGAACTGCCTCGATTAACCAACTCCCTGAGGGATCCATTCGACGCCGATCAAGCTTACATCAATCGCAAATCCATCCTTCAATCATTCAACACTCGTCGCAGCTCTGGGAAGTCAGCTGACGAATTCGAAGTTGCTCGAAAGATTGTTCATCAATGGGACGAAGCTTCTGTTGAAGTCTGCCAAGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

6222 bp · LXL04_030588|LXL04_030588|OH1004|CDS

ATGTTACTCGAACTGCCTCGATTAACCAACTCCCTGAGGGATCCATTCGACGCCGATCAAGCTTACATCAATCGCAAATCCATCCTTCAATCATTCAACACTCGTCGCAGCTCTGGGAAGTCAGCTGACGAATTCGAAGTTGCTCGAAAGATTGTTCATCAATGGGACGAAGCTTCTGTTGAAGTCTGCCAAGCATACAAACAATTTGTTGGGGCAGTGGTTGAGTTGATTGATGGAGTGGTGATCAATGAAGAGTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2073 aa · LXL04_030588|LXL04_030588|OH1004|PROTEIN

MLLELPRLTNSLRDPFDADQAYINRKSILQSFNTRRSSGKSADEFEVARKIVHQWDEASVEVCQAYKQFVGAVVELIDGVVINEEFKEVALAVYRLFGTHGEEEEANKRIIEKKSELQKLLGYSVSDAKLQKVVKAAQSLSKLQPDNHNLTLTENKVNENDDGQEFGADLVFHHPTRFLVDESVDDVEIWGEGSNVTSTSIQGGWYDNSEVTNHHPVGGTFDLGWLRDECSKIVNSSSSQFPQDELAMAICRVLDSDKAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030588`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030588

位置 Chr06:119292217-119304199 (+)

描述 Similar to BRR2C: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61140`	RNA 解旋酶，作为 U5 snRNP 和 U4/U6-U5 三体 snRNP 复合物的组成部分，在前 mRNA 剪接中起关键作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030588 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0071569 protein ufmylation 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:0140708 CAT tailing 生物过程

GO:1990116 ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61140

bta:538416

gga:421790

hsa:10973

mmu:77987

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.821

排名 1 · LXL04_030588 · OH-1004

细胞质0.225

排名 2 · LXL04_030588 · OH-1004

线粒体0.046

排名 3 · LXL04_030588 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_030588 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_030588 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24557.3DExH14_plug46-145 aa

PF00270.36DEAD440-614 aa

PF04851.22ResIII447-613 aa

PF00271.38Helicase_C729-817 aa

PF23445.2WHD_SNRNP200848-921 aa

PF02889.22Sec63939-1246 aa

PF00270.36DEAD1288-1456 aa

PF04851.22ResIII1288-1421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030588	`PF24557.3`	DExH14_plug	46	145	5.5e-41	140.1
LXL04_030588	`PF00270.36`	DEAD	440	614	9e-61	205.2
LXL04_030588	`PF04851.22`	ResIII	447	613	4.6e-26	92.4
LXL04_030588	`PF00271.38`	Helicase_C	729	817	2.4e-21	76.7
LXL04_030588	`PF23445.2`	WHD_SNRNP200	848	921	2.2e-51	172.7
LXL04_030588	`PF02889.22`	Sec63	939	1246	9.5e-155	513.9
LXL04_030588	`PF00270.36`	DEAD	1288	1456	9e-61	205.2
LXL04_030588	`PF04851.22`	ResIII	1288	1421	4.6e-26	92.4
LXL04_030588	`PF00271.38`	Helicase_C	1562	1649	2.4e-21	76.7
LXL04_030588	`PF23445.2`	WHD_SNRNP200	1680	1761	2.2e-51	172.7
LXL04_030588	`PF02889.22`	Sec63	1767	2072	9.5e-155	513.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNQ1`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14	76.953%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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