LXL04_030482 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030482

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 116870606-116872036 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

732 bp · LXL04_030482|LXL04_030482|OH1004|cDNA

ATGGGAACCCTGGGAAGAGCCGCATACACATTCGGATTCTGGATCCGCGAAACTGGACAAGCCATGGATCGTCTCGGTTCACGCCTCCAGGGCAACAACTACTTCAAAGAACAACTTTCCAGACATCGAACTCTTATGAATGTGTACAACAAAGCCCCTACAGTTGCTAAAGATGCATTTGTGGCCCCAAGTGCTTCTATCATCGGGGATGTTCAAGTGGGAGCAGGTTCATCTATTTGGTACGGATGTGTTCTCAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

732 bp · LXL04_030482|LXL04_030482|OH1004|CDS

ATGGGAACCCTGGGAAGAGCCGCATACACATTCGGATTCTGGATCCGCGAAACTGGACAAGCCATGGATCGTCTCGGTTCACGCCTCCAGGGCAACAACTACTTCAAAGAACAACTTTCCAGACATCGAACTCTTATGAATGTGTACAACAAAGCCCCTACAGTTGCTAAAGATGCATTTGTGGCCCCAAGTGCTTCTATCATCGGGGATGTTCAAGTGGGAGCAGGTTCATCTATTTGGTACGGATGTGTTCTCAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

243 aa · LXL04_030482|LXL04_030482|OH1004|PROTEIN

MGTLGRAAYTFGFWIRETGQAMDRLGSRLQGNNYFKEQLSRHRTLMNVYNKAPTVAKDAFVAPSASIIGDVQVGAGSSIWYGCVLRGDVNSISIGSGTNIQDHSLVHVAKSNLPGKVHPIVIGDNVTIGHSAVLHGCTVENEAFVGMKATLLDGVVVEKHAMVAAGALVRQGTRIPTGEVWGGNPAKFLRKLKDEEIAFISKSATNYASLAKDHADENGKALDKDEFLKVFQKKANVDPSLIQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030482`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030482

位置 Chr06:116870606-116872036 (+)

描述 Similar to GAMMACA1: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19580`	参与H(2)CO(3)分解代谢的酶，但不介导二氧化碳的可逆水化反应。	暂无已核实直接文献
`At5g66510`	参与H(2)CO(3)分解代谢的酶，但不介导二氧化碳的可逆水化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g47260`	可能参与碳酸分解，但不介导二氧化碳的可逆水合。	Disruption of a nuclear gene encoding a mitochondrial gamma carbonic anhydrase reduces complex I and supercomplex I + III2 levels and alters mitochondrial physiology in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.062 Recombinant plant gamma carbonic anhydrase homotrimers bind inorganic carbon.2009 · DOI: 10.1016/j.febslet.2009.09.055
`At5g63510`	参与线粒体复合物I的组装和呼吸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030482 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0070207 protein homotrimerization 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19580

ath:AT1G47260

ath:AT5G63510

ath:AT5G66510

ddi:DDB_G0288155

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.890

排名 1 · LXL04_030482 · OH-1004

细胞质0.117

排名 2 · LXL04_030482 · OH-1004

细胞核0.064

排名 3 · LXL04_030482 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 4 · LXL04_030482 · OH-1004

过氧化物酶体0.026

排名 5 · LXL04_030482 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00132.31Hexapep54-87 aa

PF25084.2LbH_EIF2B91-176 aa

PF00132.31Hexapep136-170 aa

PF28366.1GAMMACA1_C197-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030482	`PF00132.31`	Hexapep	54	87	1.2e-16	60.3
LXL04_030482	`PF25084.2`	LbH_EIF2B	91	176	6.8e-08	33.2
LXL04_030482	`PF00132.31`	Hexapep	136	170	1.2e-16	60.3
LXL04_030482	`PF28366.1`	GAMMACA1_C	197	235	1.5e-11	44.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWR5`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial	80.342%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94AU7`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase 3, mitochondrial	73.077%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6B3`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial	72.650%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMV1`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase-like 1, mitochondrial	40.909%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情