LXL04_029922 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029922

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 103406758-103407680 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

468 bp · LXL04_029922|LXL04_029922|OH1004|cDNA

ATGGAGCTCCAAGGGATTTCGAGAAACGTCGTGACATACAACACCCTAATCGACGGTCTCTGCAAAAACAGAAGAGCAGAAGAGGCCGCCATGCTCATGGACCAAATGATAATCGAAGGTCTAAAACCCGACAAATTCACTTACAATTCAATTCTCTCCCACTTCTGCAAAATGGGGGATATCAAACGCGCAACAGACACCGTCCAAGTTATGATCACAAACGGATGCGAACCAGATATCGTCACATACGGGACTCTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

468 bp · LXL04_029922|LXL04_029922|OH1004|CDS

ATGGAGCTCCAAGGGATTTCGAGAAACGTCGTGACATACAACACCCTAATCGACGGTCTCTGCAAAAACAGAAGAGCAGAAGAGGCCGCCATGCTCATGGACCAAATGATAATCGAAGGTCTAAAACCCGACAAATTCACTTACAATTCAATTCTCTCCCACTTCTGCAAAATGGGGGATATCAAACGCGCAACAGACACCGTCCAAGTTATGATCACAAACGGATGCGAACCAGATATCGTCACATACGGGACTCTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

155 aa · LXL04_029922|LXL04_029922|OH1004|PROTEIN

MELQGISRNVVTYNTLIDGLCKNRRAEEAAMLMDQMIIEGLKPDKFTYNSILSHFCKMGDIKRATDTVQVMITNGCEPDIVTYGTLIQGLCKAGKIDVACRLLRSIQGYFGHKYEHGNFGYLSIWNPCYWTDIKFYLDTKQTTNRFALLYRSCFR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029922`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029922

位置 Chr06:103406758-103407680 (-)

描述 Similar to MEE40: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At4g20090`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g12775`	含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62720`	含五聚肽重复的蛋白At1g62720。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029922 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.786

排名 1 · LXL04_029922 · OH-1004

质体0.081

排名 2 · LXL04_029922 · OH-1004

细胞核0.076

排名 3 · LXL04_029922 · OH-1004

细胞质0.074

排名 4 · LXL04_029922 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 5 · LXL04_029922 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_31-57 aa

PF17177.11PPR_long1-99 aa

PF23276.3TPR_244-105 aa

PF12854.14PPR_15-36 aa

PF13041.13PPR_28-57 aa

PF29070.1MSC6_N9-100 aa

PF01535.27PPR11-40 aa

PF13812.13PPR_332-88 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029922	`PF13812.13`	PPR_3	1	57	3e-19	69.6
LXL04_029922	`PF17177.11`	PPR_long	1	99	2.1e-06	28.0
LXL04_029922	`PF23276.3`	TPR_24	4	105	6.3e-07	30.1
LXL04_029922	`PF12854.14`	PPR_1	5	36	1.2e-40	137.6
LXL04_029922	`PF13041.13`	PPR_2	8	57	5e-41	139.3
LXL04_029922	`PF29070.1`	MSC6_N	9	100	1.5e-06	28.3
LXL04_029922	`PF01535.27`	PPR	11	40	4.6e-24	83.6
LXL04_029922	`PF13812.13`	PPR_3	32	88	3e-19	69.6
LXL04_029922	`PF12854.14`	PPR_1	40	71	1.2e-40	137.6
LXL04_029922	`PF13041.13`	PPR_2	46	92	5e-41	139.3
LXL04_029922	`PF01535.27`	PPR	46	76	4.6e-24	83.6
LXL04_029922	`PF12854.14`	PPR_1	74	104	1.2e-40	137.6
LXL04_029922	`PF13041.13`	PPR_2	78	104	5e-41	139.3
LXL04_029922	`PF01535.27`	PPR	81	106	4.6e-24	83.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	74.766%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49436`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090	48.421%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LPX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial	41.284%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SI78`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720	31.373%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	38.835%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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