LXL04_029908 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029908

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 103186034-103189755 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2403 bp · LXL04_029908|LXL04_029908|OH1004|cDNA

TGTTTTGGGGAAGATTCATTGCAAACCCTTCTCCCCCTTCTCTCTCTATCGTGTTTTTCTTGTCCTCTCTCTCCACAGACTTCCACCATTCACGGACCCCACAATTCCTCTAAACCCCTTCTTCTCCCCCTTCCTTCTCTCTtctcctttctctctctcgCTGCAATAATGCCAGCCTCCTCCTCAGAGACAAGGAACAGGTGGAGGAAACGGAAGCGAGGAGAGCAGTCCCGAAAACCTAGACCCCACGACGAAGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2385 bp · LXL04_029908|LXL04_029908|OH1004|CDS

TTGCAAACCCTTCTCCCCCTTCTCTCTCTATCGTGTTTTTCTTGTCCTCTCTCTCCACAGACTTCCACCATTCACGGACCCCACAATTCCTCTAAACCCCTTCTTCTCCCCCTTCCTTCTCTCTTCTCCTTTCTCTCTCTCGCTGCAATAATGCCAGCCTCCTCCTCAGAGACAAGGAACAGGTGGAGGAAACGGAAGCGAGGAGAGCAGTCCCGAAAACCTAGACCCCACGACGAAGACGATGAGGATTATGAAGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

794 aa · LXL04_029908|LXL04_029908|OH1004|PROTEIN

MQTLLPLLSLSCFSCPLSPQTSTIHGPHNSSKPLLLPLPSLFSFLSLAAIMPASSSETRNRWRKRKRGEQSRKPRPHDEDDEDYEEEDDVDLDQQNSHPEFDDGPSNSPDPTAATGAETEVISDGAVRISTFPSVIKHTVNQHHYSVIQSVARERACRTGDSSNGGLNYVFLENISHGQLQALSAMPKDAPALTGGDSEGSFVITPPPIMEGRGVVKRYGLDRVHVVPMHADWFSPTTVNRLERQAVPHFFSGKSPDHTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029908`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029908

位置 Chr06:103186034-103189755 (+)

描述 Similar to SWI3C: SWI/SNF complex subunit SWI3C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21700`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	CHB2, a member of the SWI3 gene family, is a global regulator in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000004305.60407.8b SWI3 subunits of putative SWI/SNF chromatin-remodeling complexes play distinct roles during Arabidopsis development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031203
`At2g47620`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	SWI3 subunits of putative SWI/SNF chromatin-remodeling complexes play distinct roles during Arabidopsis development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.031203
`At4g34430`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0183700`	相当于 SWI/SNF 复合体的多蛋白复合体的组成部分，SWI/SNF 复合体是一种 ATP 依赖性染色质重塑复合体，是大量基因的基因表达的正向和负向调节所必需的。	A lamin-like protein OsNMCP1 regulates drought resistance and root growth through chromatin accessibility modulation by interacting with a chromatin remodeller OsSWI3C in rice.2020 · DOI: 10.1111/nph.16518

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029908 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21700

ath:AT2G47620

ath:AT4G34430

dosa:Os11g0183700

spo:2541851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.944

排名 1 · LXL04_029908 · OH-1004

细胞质0.101

排名 2 · LXL04_029908 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 3 · LXL04_029908 · OH-1004

质体0.017

排名 4 · LXL04_029908 · OH-1004

内质网0.016

排名 5 · LXL04_029908 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04433.24SWIRM235-314 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding451-491 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_6452-493 aa

PF16495.11SWIRM-assoc_1631-705 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029908	`PF04433.24`	SWIRM	235	314	2.7e-21	76.3
LXL04_029908	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	451	491	9.9e-10	39.1
LXL04_029908	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	452	493	1e-06	29.5
LXL04_029908	`PF16495.11`	SWIRM-assoc_1	631	705	3e-25	88.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XI07`	拟南芥	SWI/SNF complex subunit SWI3C	51.359%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W475`	拟南芥	SWI/SNF complex subunit SWI3A	29.688%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VY05`	拟南芥	SWI/SNF complex subunit SWI3D	35.216%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q53KK6`	水稻	SWI/SNF complex subunit SWI3C homolog	43.613%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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