LXL04_029901 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029901

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 103052499-103055568 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1578 bp · LXL04_029901|LXL04_029901|OH1004|cDNA

ATGGCTACCCAGTCTCACTAATTTTCAGCTCAACTCCATCTTACACGATTTTACGGTGTAATCGGCATCCCAACATTCCTTCCGGCAATGGCATCGTCTAGGGTTACCATCGTCGTCTTCCTGTTTTCTCTTCTAACATCGTCTTATATCGACGGCTTATGTGTCGCCGCTGCCGATACTAAAGAGTTTGTTCTGACTCTTGATCAATCCAATTTCACCGGAGCTATCAGCAAACATGATTTTGTCGTCGTCGATTTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · LXL04_029901|LXL04_029901|OH1004|CDS

ATGGCATCGTCTAGGGTTACCATCGTCGTCTTCCTGTTTTCTCTTCTAACATCGTCTTATATCGACGGCTTATGTGTCGCCGCTGCCGATACTAAAGAGTTTGTTCTGACTCTTGATCAATCCAATTTCACCGGAGCTATCAGCAAACATGATTTTGTCGTCGTCGATTTTTATGCACCATGGTGTGGCCACTGCATGGAACTTGCTCCAGAGTTTGAGAAAGCTGCATCTGCATTAAGTAGTAGCCACCCCATGATTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

496 aa · LXL04_029901|LXL04_029901|OH1004|PROTEIN

MASSRVTIVVFLFSLLTSSYIDGLCVAAADTKEFVLTLDQSNFTGAISKHDFVVVDFYAPWCGHCMELAPEFEKAASALSSSHPMIALAKVDANDGKNKDLASEYDIKGFPTLKIFRDGGKTIQDYKGPRDAQGIVSYLKKQTGPASIEIKSIEDGNAFIDGDNIVIVGVFPEFSGEKFKVFLTLAENLRSDYDFAHTSDAKNLPRGDSSVSGPIVRLFKPFDELVVDFEYFNLDALKKFVEEATIPTVTVFNHDPKNHP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029901`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029901

位置 Chr06:103052499-103055568 (-)

描述 Similar to PDI: Protein disulfide-isomerase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21750`	蛋白质二硫键异构酶，与 RD21A 蛋白酶结合，从内质网通过高尔基体运输到发育种子中内皮细胞的裂解和蛋白质储存液泡。	Arabidopsis protein disulfide isomerase-5 inhibits cysteine proteases during trafficking to vacuoles before programmed cell death of the endothelium in developing seeds.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058339
`At1g77510`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0003756 protein disulfide isomerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

rcu:8281065

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.848

排名 1 · LXL04_029901 · OH-1004

细胞质0.119

排名 2 · LXL04_029901 · OH-1004

溶酶体／液泡0.078

排名 3 · LXL04_029901 · OH-1004

细胞核0.060

排名 4 · LXL04_029901 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 5 · LXL04_029901 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085.27Thioredoxin35-141 aa

PF20207.5PedC-like37-126 aa

PF13098.14Thioredoxin_246-141 aa

PF04756.20OST3_OST661-152 aa

PF13848.13Thioredoxin_6171-354 aa

PF00085.27Thioredoxin378-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029901	`PF00085.27`	Thioredoxin	35	141	6.6e-57	190.6
LXL04_029901	`PF20207.5`	PedC-like	37	126	1.7e-08	35.2
LXL04_029901	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	46	141	2.9e-13	50.9
LXL04_029901	`PF04756.20`	OST3_OST6	61	152	1.5e-12	48.3
LXL04_029901	`PF13848.13`	Thioredoxin_6	171	354	1.1e-27	97.8
LXL04_029901	`PF00085.27`	Thioredoxin	378	481	6.6e-57	190.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XI01`	拟南芥	Protein disulfide isomerase-like 1-1	58.664%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SRG3`	拟南芥	Protein disulfide isomerase-like 1-2	60.297%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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