LXL04_029887 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029887

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 102844540-102849523 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3687 bp · LXL04_029887|LXL04_029887|OH1004|cDNA

ATGGCGTCcacctcttcttcttcttcatcttcttcttcgtcttctcATCGCCATGAATCCATAGACCCTAAGCTTTTAAGATTACTCGTTTCTTTGATCAATGACCACATTTACTCGTTCTTATCCAACCACAAGTCCAGAAAGATACTACACGCTATATGCTCCTCAAATCTCAAGTTTCACGAGCAGGATTTCTTCGACTTCTCGGAACAATCAGTACTCTCGAATTTTTACTGGGGTATTCAGAATGTAGAAGCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3687 bp · LXL04_029887|LXL04_029887|OH1004|CDS

ATGGCGTCCACCTCTTCTTCTTCTTCATCTTCTTCTTCGTCTTCTCATCGCCATGAATCCATAGACCCTAAGCTTTTAAGATTACTCGTTTCTTTGATCAATGACCACATTTACTCGTTCTTATCCAACCACAAGTCCAGAAAGATACTACACGCTATATGCTCCTCAAATCTCAAGTTTCACGAGCAGGATTTCTTCGACTTCTCGGAACAATCAGTACTCTCGAATTTTTACTGGGGTATTCAGAATGTAGAAGCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1228 aa · LXL04_029887|LXL04_029887|OH1004|PROTEIN

MASTSSSSSSSSSSSHRHESIDPKLLRLLVSLINDHIYSFLSNHKSRKILHAICSSNLKFHEQDFFDFSEQSVLSNFYWGIQNVEAAVQSKCPEDIKPKLQRAEKMLQAPALLNEDGTTAGVSNSYLVCYAYFYLSVVRKLQRDELQVSVHFLQALVVSPAVVRVELAPELYRAIVESCIVPLRPEFRNEVEESEGVKWGARSYKAWLMYHQVISYGQSPLLMKEPDENLLEIRNMNACSTSSSNSYEHMHHLHQLRMHQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029887`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_029887`
位置	Chr06:102844540-102849523 (-)
描述	Similar to CERBERUS: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029887` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009877 nodulation 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	mtr:11418360 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.453

排名 1 · LXL04_029887 · OH-1004

细胞核0.366

排名 2 · LXL04_029887 · OH-1004

细胞膜0.257

排名 3 · LXL04_029887 · OH-1004

内质网0.064

排名 4 · LXL04_029887 · OH-1004

溶酶体／液泡0.060

排名 5 · LXL04_029887 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23568.2ARM_LIN28-192 aa

PF23654.2ARM_LIN_2nd403-565 aa

PF23628.3ARM_LIN_C568-922 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz907-1036 aa

PF23409.2Beta-prop_EML957-1053 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st960-1101 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st960-1225 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3960-1204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029887	`PF23568.2`	ARM_LIN	28	192	4.4e-27	95.6
LXL04_029887	`PF23654.2`	ARM_LIN_2nd	403	565	3.8e-50	170.4
LXL04_029887	`PF23628.3`	ARM_LIN_C	568	922	2.7e-59	201.7
LXL04_029887	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	907	1036	8.7e-10	39.1
LXL04_029887	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	957	1053	1.1e-07	32.4
LXL04_029887	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	960	1101	1.1e-13	52.0
LXL04_029887	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	960	1225	2.9e-13	50.5
LXL04_029887	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	960	1204	1.9e-09	37.6
LXL04_029887	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	960	1020	1.7e-07	31.5
LXL04_029887	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	961	1091	1.9e-10	41.3
LXL04_029887	`PF24796.2`	WDR55	962	1071	1.3e-06	28.4
LXL04_029887	`PF24814.2`	WD40_Prp19	963	1037	5.7e-10	39.4
LXL04_029887	`PF00400.39`	WD40	982	1017	8.7e-07	29.9
LXL04_029887	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	989	1152	6.6e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

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