LXL04_029876 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029876

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 102661930-102663573 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1521 bp · LXL04_029876|LXL04_029876|OH1004|cDNA

ATGTGCATGTGTATCAACTTATGCATGAATACATCAATTTCTTACATCATATCTTATATTTCCCTAATATACAAGCAAACCATCCCTTACCATACTCAAATCCATCTCATAGTTCCCATGGTAATGGAGGAAATGAAGATGATAACAAGCATAGGCTTCCCTCTTTTCACAATGGGGTTGGTTAGTTACCTGAAAAACATGATTGCAGTTGCATGCATGGGCAAAATGGGAAGACTTGAGTTAGCGGGTGGTGCATTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · LXL04_029876|LXL04_029876|OH1004|CDS

ATGTGCATGTGTATCAACTTATGCATGAATACATCAATTTCTTACATCATATCTTATATTTCCCTAATATACAAGCAAACCATCCCTTACCATACTCAAATCCATCTCATAGTTCCCATGGTAATGGAGGAAATGAAGATGATAACAAGCATAGGCTTCCCTCTTTTCACAATGGGGTTGGTTAGTTACCTGAAAAACATGATTGCAGTTGCATGCATGGGCAAAATGGGAAGACTTGAGTTAGCGGGTGGTGCATTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

506 aa · LXL04_029876|LXL04_029876|OH1004|PROTEIN

MCMCINLCMNTSISYIISYISLIYKQTIPYHTQIHLIVPMVMEEMKMITSIGFPLFTMGLVSYLKNMIAVACMGKMGRLELAGGALAIGFTNITGYSVLSGLAMGMEPLCSQAFGSRNLTMVNLTLQRTIIILLFASLPIGVLWVNLEPLMIFLHQDPDITRVASLYCRYAIPDLIVNSFLYPLKIFLRSKGATWSLMWCTLIPTLVHYPITNTLAFTLHLGVKGVAISTFLTNLITSVLILGYIFSTHNTPKSETTVKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029876`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029876

位置 Chr06:102661930-102663573 (+)

描述 Similar to DTX55: Protein DETOXIFICATION 55

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49130`	蛋白 DETOXIFICATION 55。	暂无已核实直接文献
`At1g71870`	可能作为多药物和毒素外排转运蛋白，将IAA结合物从细胞质转运到过氧化物酶体中。	暂无已核实直接文献
`At4g29140`	作为多药和毒素挤压转运蛋白发挥作用，负向调节植物抗病性。	ADP1 affects plant architecture by regulating local auxin biosynthesis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003954 A subgroup of MATE transporter genes regulates hypocotyl cell elongation in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv344
`At5g19700`	可能作为下胚轴细胞在光照下伸长的负调节剂。	A subgroup of MATE transporter genes regulates hypocotyl cell elongation in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv344
`At1g58340`	充当多药物和毒素挤出转运蛋白。	A Golgi-localized MATE transporter mediates iron homoeostasis under osmotic stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1042/bj20111311 A subgroup of MATE transporter genes regulates hypocotyl cell elongation in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv344

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006826 iron ion transport 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010600 regulation of auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0046620 regulation of organ growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58340

ath:AT1G71870

ath:AT4G29140

ath:AT5G19700

ath:AT5G49130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.446

排名 1 · LXL04_029876 · OH-1004

溶酶体／液泡0.272

排名 2 · LXL04_029876 · OH-1004

细胞质0.119

排名 3 · LXL04_029876 · OH-1004

内质网0.107

排名 4 · LXL04_029876 · OH-1004

高尔基体0.070

排名 5 · LXL04_029876 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01554.24MatE54-211 aa

PF01554.24MatE275-437 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029876	`PF01554.24`	MatE	54	211	6.2e-61	205.5
LXL04_029876	`PF01554.24`	MatE	275	437	6.2e-61	205.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FH21`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 55	60.373%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LE20`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 54	47.379%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZE2`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 51	47.216%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q4PSF4`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 52	46.584%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SLV0`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 48	46.847%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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